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hal-00753930, version 1

Space-efficient and exact de Bruijn graph representation based on a Bloom filter

Rayan Chikhi (Auteur à contacter de préférence) 12, Guillaume Rizk () 3

WABI 2012 7534 (2012) pp 236-248

Résumé : The de Bruijn graph data structure is widely used in next-generation sequencing (NGS). Many programs, e.g. de novo assemblers, rely on in-memory representation of this graph. However, current techniques for representing the de Bruijn graph of a human genome require a large amount of memory (> 30 GB). We propose a new encoding of the de Bruijn graph, which occupies an order of magnitude less space than current representations. The encoding is based on a Bloom filter, with an additional structure to remove critical false positives. An assembly software implementing this structure, Minia, performed a complete de novo assembly of human genome short reads using 5.7 Gb of memory in 23 hours.

  • Domaine : Informatique/Bio-informatique
    Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique
 
  • hal-00753930, version 1
  • oai:hal.archives-ouvertes.fr:hal-00753930
  • Contributeur : 
  • Soumis le : Lundi 19 Novembre 2012, 22:53:47
  • Dernière modification le : Jeudi 22 Novembre 2012, 14:52:29
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