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inria-00098890, version 1

The Genexpress IMAGE Knowledge base of human brain : a prototype of integrated resource for functional and computational genomics

Geneviève Pietu () a, Régine Mariage-Samson a, Nicole Fayein a, Christiane Matingou a, Eric Eveno a, Rémi Houlgatte, Charles Decraene a, Yves Vandenbrouck, Fariza Tahi, Marie-Dominique Devignes () a1, Utte Wirkner, Wilhelm Ansorge, David Cox, T. Nagase, Nobuo Nomura, Charles Auffray a

Genome Researchearch 9, 2 (1999) 195-209

Résumé : Expression profiles of 5058 human gene transcripts represented by an array of 7451 clones from the first IMAGE Consortium cDNA library from infant brain have been collected by semiquantitative hybridization of the array with complex probes derived by reverse transcription of mRNA from brain and five other human tissues. Twenty-one percent of the clones corresponded to transcripts that could be classified in general categories of low, moderate, or high abundance. These expression profiles were integrated with cDNA clone and sequence clustering and gene mapping information from an upgraded version of the Genexpress Index. For seven gene transcripts found to be transcribed preferentially or specifically in brain, the expression profiles were confirmed by Northern blot analyses of mRNA from eight adult and four fetal tissues, and 15 distinct regions of brain. In four instances, further documentation of the sites of expression was obtained by in situ hybridization of rat-brain tissue sections. A systematic effort was undertaken to further integrate available cytogenetic, genetic, physical, and genic map informations through radiation-hybrid mapping to provide a unique validated map location for each of these genes in relation to the disease map. The resulting Genexpress IMAGE Knowledge Base is illustrated by five examples presented in the printed article with additional data available on a dedicated Web site at the address http://idefix.upr420.vjf.cnrs.fr/

  • a –  CNRS SDV VILLEJUIF
  • 1 :  LANGUE ET DIALOGUE (INRIA Lorraine - LORIA)
  • INRIA – CNRS : UMR7503 – Université Henri Poincaré - Nancy I – Université Nancy II – Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)
  • Domaine : Informatique/Autre
  • Mots-clés : human genome – gene expression – integrated mapping – full-length cdna sequence – knowledge base – computational genomics || genome humain – expression des gènes – cartographie intégrée – séquençage d'adnc complet – base de connaissance – genomique computationnelle.
  • Référence interne : 99-R-416 || pietu99a
  • Commentaire : Article dans revue scientifique avec comité de lecture.
 
  • inria-00098890, version 1
  • oai:hal.inria.fr:inria-00098890
  • Contributeur : 
  • Soumis le : Mardi 26 Septembre 2006, 08:39:56
  • Dernière modification le : Jeudi 28 Septembre 2006, 15:22:45
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