Les entreprises rencontrent des difficultés pour financer leurs projets innovants. Cependant, l'activité d'innovation est rarement considérée comme un élément déterminant dans les nombreux travaux empiriques consacrés à la structure financière des entreprises. L'objet de cet article est de proposer une analyse dynamique de la structure financière des entreprises françaises en tenant compte de la réalisation d'une activité d'innovation ou de R\&D. Les donnés sont issues des bases Diane (SCRL), des enquêtes annuelles sur les dépenses de R\&D (MENRT) et des enquêtes communautaires sur l'innovation (CIS, Sessi). L'analyse porte sur la période 1994-2004 et concerne les entreprises de l'industrie. Nous appliquons la spécification économétrique développée par Blundell et Bond (1998) reposant sur la méthode dite du Système GMM. Les résultats obtenus montrent que l'utilisation de la dette bancaire décroît avec l'effort de R\&D à la fois dans les ressources totales et dans l'endettement total des entreprises. Par ailleurs, les effets négatif de la profitabilité et positif des garanties mis en évidence dans d'autres études sont confortés. Enfin, les PME et les entreprises cotées s'endettent davantage auprès des banques alors que l'obtention de financements du groupe a en revanche un impact négatif sur l'endettement bancaire.