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Sur la bio-informatique des réseaux d'automates

Sylvain Sené 12

Université d'Evry-Val d'Essonne (27/11/2012), Alexander Bockmayr (Pr.)

Résumé : Ce travail présente des contributions théoriques et appliquées dans le contexte des systèmes dynamiques discrets vus comme modèles des réseaux de régulation biologique. En mettant en avant le fait qu'accroître les connaissances du vivant nécessite aujourd'hui de mieux comprendre les propriétés mathématiques qui le régissent, il développe diverses réflexions menées en bio-informatique théorique en se fondant sur le formalisme des réseaux d'automates, notamment booléens. Les trois principaux thèmes abordés sur ces réseaux sont la robustesse environnementale, la combinatoire comportementale et la robustesse structurelle. La robustesse environnementale est notamment évoquée à travers une étude de la manière dont les réseaux d'automates réagissent face à l'influence de conditions de bord fixées (on y retrouve une généralisation au cas non-linéaire d'un résultat connu dans le domaine des automates cellulaires). La combinatoire comportementale est quant à elle abordée par les cycles d'interaction dont on connaît l'importance sur la dynamique des réseaux. Pour ces motifs particuliers et leurs intersections sont présentées des caractérisations combinatoires de leur comportement asymptotique en parallèle, qui font ensuite l'objet de comparaisons. Enfin, le thème de la robustesse structurelle est traité au travers du concept de graphe de transition général, qui a mené à mettre en évidence tous les comportements possibles des cycles d'interaction, à donner une classification de la robustesse des réseaux vis-à-vis de leur asynchronisme/synchronisme, de laquelle se sont imposées des études plus précises sur le rôle de la non-monotonie dans ces réseaux.

  • Domaine : Informatique/Mathématique discrète
    Informatique/Théorie et langage formel
    Informatique/Bio-informatique
    Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique
    Mathématiques/Systèmes dynamiques
  • Mots-clés : Bio-informatique théorique – réseaux d'automates – systèmes dynamiques discrets – robustesse environnementale – combinatoire comportementale – robustesse structurelle et non-monotonie
 
  • tel-00759287, version 1
  • oai:tel.archives-ouvertes.fr:tel-00759287
  • Contributeur : 
  • Soumis le : Vendredi 30 Novembre 2012, 13:41:23
  • Dernière modification le : Mardi 2 Avril 2013, 19:11:54
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