Can Voronoi diagram model cell geometries in early sea-urchin embryogenesis ?

Miguel A. Luengo-Oroz; Louise Duloquin; C. Castro; Thierry Savy; Emmanuel Faure; B. Lombardot; Paul Bourgine; Nadine Peyrieras; A. Santos

hal-00723387, version 1

Can Voronoi diagram model cell geometries in early sea-urchin embryogenesis ?

Miguel A. Luengo-Oroz ¹, Louise Duloquin ^2, 3, C. Castro ¹, Thierry Savy ⁴, Emmanuel Faure ⁴, B. Lombardot, Paul Bourgine ^4, 5, Nadine Peyrieras ^2, 3, 6, A. Santos ¹

Biomedical Imaging: From Nano to Macro IEEE (Ed.) (2008) 504-507

Résumé : We test the hypothesis that cell membranes in early sea- urchin embryos can be modeled as a Voronoi diagram from nuclei centers. In order to obtain a model of the cell geometry against which to test our Voronoi model hypothesis, we developed a viscous watershed framework that allows segmenting 3D images of living sea-urchin embryos obtained by biphoton laser scanning microscopy. Measurements of the differences between segmented cells and the Voronoi model, show an interesting high correlation that can serve for developing more accurate methods of segmentation and modelling cell geometries.

1 : Biomedical Image Technologies Lab, ETSI Telecomunicación
Universidad Politécnica de Madrid
2 : Neurobiologie et Développement (N&eD)
CNRS : UPR3294 – Université Paris XI - Paris Sud
3 : Institut de Neurobiologie Alfred Fessard (INAF)
CNRS : FRC2118
4 : Centre de recherche en épistémologie appliquée (CREA)
CNRS : UMR7656 – Polytechnique - X
5 : Réseau National des Systèmes Complexes (RNSC)
CNRS : UMR0 – INSERM : U0 – Institut national de la recherche agronomique (INRA) : UMR0 – Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER) – Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement [CIRAD] : UMR0 – INRIA – Institut de recherche pour le développement [IRD] – CGE – CPU
6 : Institut des Systèmes Complexes - Paris Ile-de-France (ISC-PIF)
CNRS : UMR7656 – Institut Curie – Université Paris XI - Paris Sud – Université Paris I - Panthéon-Sorbonne – Université Pierre et Marie Curie [UPMC] - Paris VI – École normale supérieure de Cachan - ENS Cachan – Ecole normale supérieure de Paris - ENS Paris – Polytechnique - X

hal-00723387, version 1
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Contributeur : Alain Perignon <>
Soumis le : Jeudi 9 Août 2012, 14:28:42
Dernière modification le : Jeudi 9 Août 2012, 14:28:42

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DOI : 10.1109/ISBI.2008.4541043

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