inria-00609432, version 1

Using Dominances for Solving the Protein Family Identification Problem

Noël Malod-Dognin () ¹, Mathilde Le Boudic-Jamin () ^b, 2, Pritish Kamath () ^a, 3, Rumen Andonov () ^b, 2

11th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2011) 6833 (2011) 201-212

• a –  II T Bombay
• b –  Université de Rennes I
• 1 :  ABS (INRIA Sophia Antipolis)
• http://www-sop.inria.fr/abs/
  INRIA ABS - (Algorithms-Biology-Structure), 2004 route des Lucioles, BP 93, F-06902 Sophia-Antipolis, FRANCE France
• 2 :  SYMBIOSE (INRIA - IRISA)
• http://www.inria.fr/equipes/symbiose
  CNRS : UMR6074 – INRIA – Institut National des Sciences Appliquées (INSA) - Rennes – Université de Rennes 1 Campus de Beaulieu 35042 Rennes cedex France
• 3 :  Indian Institute of Technology [Bombay] (IIT Bombay)
• http://www.iitb.ac.in/
  II T Bombay Powai, Mumbai - 400076, INDIA Inde

Références bibliographiques

• Type de publication : Communications avec actes
• Domaine :

  Informatique/Bio-informatique

  Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie Systémique

• Titre : Using Dominances for Solving the Protein Family Identification Problem
• Résumé : Identification of protein families is a computational biology challenge that needs efficient and reliable methods. Here we introduce the concept of dominance and propose a novel combined approach based on Distance Alignment Search Tool (DAST), which contains an exact algorithm with bounds. Our experiments show that this method successfully finds the most similar proteins in a set without solving all instances.
• Résumé français : L'identification des familles protéique est un challenge de la biologie computationnelle qui nécessite des méthodes efficaces et robustes. Nous introduisons ici le concept de dominance entre instance de comparaison de structures protéiques, et proposons une nouvelle approche basée sur DAST (Distance Alignment Search Tool), un algorithme exact auquel nous rajoutons des bornes. Les résultats obtenus montrent que notre méthode résout correctement le problème de l'identification des familles protéique sans avoir besoin de résoudre toutes les instances de comparaison de structures
• Langue du document : Anglais
• Date de publication : 19/07/2011
• Audience : internationale
• Titre conférence : 11th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2011)
• Ville : Saarbrücken
• Pays : Allemagne
• Date conférence : 05/09/2011
• Date conférence (fin) : 07/09/2011
• Organisateur : Max-Planck-Institute für Informatics
• Editeur(s) scientifique(s) : Przytycka, Teresa and Sagot, Marie-France
• Editeur commercial : Springer Berlin / Heidelberg
• Titre volume : Algorithms in Bioinformatics
• Volume : 6833
• Collection : Lecture Notes in Computer Science
• Pagination : 201-212
• DOI : 10.1007/978-3-642-23038-7_18
• Mots-clés : Protein structure comparison – classification – bounds – dominance
• Commentaire : Published in Workshop on Algorithms for Bioinformatics (WABI 2011)
• Référence interne : RR-7688

Liste des fichiers attachés à ce document :

• inria-00609432, version 1
• http://hal.inria.fr/inria-00609432
• oai:hal.inria.fr:inria-00609432
• Contributeur : Noel Malod-Dognin <>
• Soumis le : Mardi 19 Juillet 2011, 09:36:39
• Dernière modification le : Vendredi 18 Novembre 2011, 16:41:03