Fouille de données à l'aide de HMM : Application à la détection de réitérations intragénomiques

Sébastien Hergalant; Bertrand Aigle; Bernard Decaris; Pierre Leblond; Jean-François Mari

inria-00100752, version 1

Fouille de données à l'aide de HMM : Application à la détection de réitérations intragénomiques

Sébastien Hergalant ()^a^, 1, Bertrand Aigle^b, Bernard Decaris^b, Pierre Leblond^b, Jean-François Mari^c^, 1

Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques - JOBIM'02 (2002) 269-273

Abstract: Nous présentons une méthode de fouille de données génomiques dans laquelle l'utilisateur analyse un signal élaboré pour la circonstance par un HMM d'ordre deux. Ce signal, qui représente une probabilité a posteriori de classer un résidu ou un groupe de résidus nucléotidiques dans un état, permet la localisation de répétitions dans la séquence d'un génome bactérien complet.

a – INRA - UHP
b – UMR UHP-INRA 1128
c – UNIVERSITE NANCY 2
1: ORPAILLEUR (INRIA Lorraine - LORIA)
INRIA – CNRS : UMR7503 – Université Henri Poincaré - Nancy I – Université Nancy II – Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)

inria-00100752, version 1
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oai:hal.inria.fr:inria-00100752
From: Publications Loria <>
Submitted on: Tuesday, 26 September 2006 14:50:14
Updated on: Thursday, 28 September 2006 15:22:47

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