FouDanGA : Fouille de données pour l'annotation de génomes d'actinomycètes

Jean-François Mari; Fabrice Touzain; Sébastien Hergalant; Isabelle Debled-Rennesson

inria-00000453, version 1

FouDanGA : Fouille de données pour l'annotation de génomes d'actinomycètes

Jean-François Mari () ¹, Fabrice Touzain () ², Sébastien Hergalant () ¹, Isabelle Debled-Rennesson () ²

(2005)

Résumé : L'accumulation des séquences issues des projets de séquençage oblige la mise en œuvre de méthodes de fouilles de données pour comprendre les mécanismes impliqués dans l'expression, la transmission et l'évolution des gènes. Nous nous intéressons aux méthodes combinatoires et stochastiques permettant de prédire les séquences promotrices et autres petites séquences régulatrices chez les bactéries. Deux approches informatiques sont développées. La première correspond à l'utilisation d'algorithmes de recherche de mots puis de couples de mots sur-représentés dans les régions en amont de gènes orthologues d'espèces phylogénétiquement proches. La seconde correspond à une méthode de fouille de données génomiques sans a priori pour faire émerger des sous-séquences d'ADN dans les régions intergéniques. Le processus de fouille de données se traduit par la spécification de modèles de Markov cachés du second-ordre (HMM2), leur apprentissage et leur utilisation pour faire apparaître des irrégularités dans des grandes séquences d'ADN.

1 : ORPAILLEUR (INRIA Lorraine - LORIA)
INRIA – CNRS : UMR7503 – Université Henri Poincaré - Nancy I – Université Nancy II – Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)
2 : ADAGE (INRIA Lorraine - LORIA)
INRIA – CNRS : UMR7503 – Université Henri Poincaré - Nancy I – Université Nancy II – Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)

inria-00000453, version 1
http://hal.inria.fr/inria-00000453
oai:hal.inria.fr:inria-00000453
Contributeur : Jean-Francois Mari <>
Soumis le : Mardi 18 Octobre 2005, 11:55:06
Dernière modification le : Mercredi 28 Juin 2006, 12:19:44

Voir la fiche détaillée

Documents associés

Annexes :

PDF :

Exporter

Bibtex EndNote TEI RefWorks

%% inria-00000453, version 1
%% http://hal.inria.fr/inria-00000453
@techreport{mari:inria-00000453,
    hal_id = {inria-00000453},
    url = {http://hal.inria.fr/inria-00000453},
    title = {{FouDanGA : Fouille de donn{\'e}es pour l'annotation de g{\'e}nomes d'actinomyc{\`e}tes}},
    author = {Mari, Jean-Fran{\c c}ois and Touzain, Fabrice and Hergalant, S{\'e}bastien and Debled-Rennesson, Isabelle},
    abstract = {{L'accumulation des s{\'e}quences issues des projets de s{\'e}quen{\c c}age oblige la mise en {\oe}uvre de m{\'e}thodes de fouilles de donn{\'e}es pour comprendre les m{\'e}canismes impliqu{\'e}s dans l'expression, la transmission et l'{\'e}volution des g{\`e}nes. Nous nous int{\'e}ressons aux m{\'e}thodes combinatoires et stochastiques permettant de pr{\'e}dire les s{\'e}quences promotrices et autres petites s{\'e}quences r{\'e}gulatrices chez les bact{\'e}ries. Deux approches informatiques sont d{\'e}velopp{\'e}es. La premi{\`e}re correspond {\`a} l'utilisation d'algorithmes de recherche de mots puis de couples de mots sur-repr{\'e}sent{\'e}s dans les r{\'e}gions en amont de g{\`e}nes orthologues d'esp{\`e}ces phylog{\'e}n{\'e}tiquement proches. La seconde correspond {\`a} une m{\'e}thode de fouille de donn{\'e}es g{\'e}nomiques sans a priori pour faire {\'e}merger des sous-s{\'e}quences d'ADN dans les r{\'e}gions interg{\'e}niques. Le processus de fouille de donn{\'e}es se traduit par la sp{\'e}cification de mod{\`e}les de Markov cach{\'e}s du second-ordre (HMM2), leur apprentissage et leur utilisation pour faire appara{\^\i}tre des irr{\'e}gularit{\'e}s dans des grandes s{\'e}quences d'ADN.}},
    keywords = {fouille de donn{\'e}es;approche comparative;SFFT;facteur sigma},
    language = {Fran{\c c}ais},
    affiliation = {ORPAILLEUR - INRIA Lorraine - LORIA , ADAGE - INRIA Lorraine - LORIA},
    type = {Rapport de recherche},
    note = {Poster de pr{\'e}sentation de l'ACI FouDanga aux journ{\'e}es JOBIM 2005 (Lyon) : rapport d'avancement {\`a} 1 an.},
    year = {2005},
    pdf = {http://hal.inria.fr/inria-00000453/PDF/PosterFoudanga1.pdf},
}

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<listBibl xmlns="http://www.tei-c.org/ns/1.0" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
<listBibl type="report"><head>Rapports</head>
<biblStruct type="report" xml:id="inria-00000453"><monogr>
<author><persName><forename>Jean-François</forename><surname>Mari</surname></persName>
<affiliation>
<orgName type="laboratory">INRIA Lorraine - LORIA</orgName>
<orgName type="team">ORPAILLEUR</orgName>
<country>FR</country>
<orgName type="institution">INRIA</orgName>
<orgName type="institution">CNRS : UMR7503</orgName>
<orgName type="institution">Université Henri Poincaré - Nancy I</orgName>
<orgName type="institution">Université Nancy II</orgName>
<orgName type="institution">Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)</orgName>
</affiliation>
</author>
<author><persName><forename>Fabrice</forename><surname>Touzain</surname></persName>
<affiliation>
<orgName type="laboratory">INRIA Lorraine - LORIA</orgName>
<orgName type="team">ADAGE</orgName>
<country>FR</country>
<orgName type="institution">INRIA</orgName>
<orgName type="institution">CNRS : UMR7503</orgName>
<orgName type="institution">Université Henri Poincaré - Nancy I</orgName>
<orgName type="institution">Université Nancy II</orgName>
<orgName type="institution">Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)</orgName>
</affiliation>
</author>
<author><persName><forename>Sébastien</forename><surname>Hergalant</surname></persName>
<affiliation>
<orgName type="laboratory">INRIA Lorraine - LORIA</orgName>
<orgName type="team">ORPAILLEUR</orgName>
<country>FR</country>
<orgName type="institution">INRIA</orgName>
<orgName type="institution">CNRS : UMR7503</orgName>
<orgName type="institution">Université Henri Poincaré - Nancy I</orgName>
<orgName type="institution">Université Nancy II</orgName>
<orgName type="institution">Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)</orgName>
</affiliation>
</author>
<author><persName><forename>Isabelle</forename><surname>Debled-Rennesson</surname></persName>
<affiliation>
<orgName type="laboratory">INRIA Lorraine - LORIA</orgName>
<orgName type="team">ADAGE</orgName>
<country>FR</country>
<orgName type="institution">INRIA</orgName>
<orgName type="institution">CNRS : UMR7503</orgName>
<orgName type="institution">Université Henri Poincaré - Nancy I</orgName>
<orgName type="institution">Université Nancy II</orgName>
<orgName type="institution">Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)</orgName>
</affiliation>
</author>
<title type="main" level="m">FouDanGA : Fouille de données pour l'annotation de génomes d'actinomycètes</title><title type="main" level="m">FouDanGA : Fouille de données pour l'annotation de génomes d'actinomycètes</title><imprint><biblScope type="publicationDate">2005-00-00</biblScope></imprint></monogr><idno type="HALid">http://hal.inria.fr/inria-00000453</idno><idno type="HALFile">http://hal.inria.fr/inria-00000453/PDF/PosterFoudanga1.pdf</idno></biblStruct>
</listBibl>
</listBibl>