inria-00000918, version 1
Traitement statistique des résultats SELEX
Journées Ouvertes en Biologie Informatiques et Mathématiques - JOBIM 2002 (2002) 277--283
Résumé : Les expériences de SELEX constituent une source d'informations particulièrement précieuse en biologie moléculaire. Cependant, les données produites, qui peuvent présenter une variabilité importante, ne sont pas d'une exploitation aisée. Après avoir mis en lumière le fait que l'approche standard de cette exploitation peut conduire à des résultats incomplets, voire erronés, cet article propose de pallier les insuffisances rencontrées en introduisant une étape de traitement supplémentaire, de nature statistique. Cette étape, qui a pour but d'identifier le nombre de motifs à déterminer, ainsi que les ensembles de ligands qui leur sont associés, repose sur l'analyse de données et la classification. Elle précède la détermination des séquences consensus. Notre approche est validée sur un cas réel, pour lequel elle produit des résultats permettant de formuler des hypothèses confirmées a posteriori par une étude biologique indépendante de la nôtre.
- 1 :
- INRIA – CNRS : UMR7503 – Université Henri Poincaré - Nancy I – Université Nancy II – Institut National Polytechnique de Lorraine (INPL)
- 2 :
- CNRS : UMR7567 – Université Henri Poincaré - Nancy I – IFR111 – Cancéropôle du Grand Est
- Domaine : Sciences du Vivant/Biochimie, Biologie Moléculaire/Biochimie
Sciences du Vivant/Bio-Informatique, Biologie SystémiqueSciences du Vivant/Biotechnologies - Mots-clés : SELEX experiments – classification – SR proteins – multiple alignment
- inria-00000918, version 1
- http://hal.inria.fr/inria-00000918
- oai:hal.inria.fr:inria-00000918
- Contributeur :
- Soumis le : Jeudi 8 Décembre 2005, 19:03:58
- Dernière modification le : Mercredi 28 Février 2007, 16:26:48
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