Recherche et annotation des structures de CRISPR dans l'ensemble des génomes procaryotes

Christophe Vroland 1 Catherine Belleannée 1, * Jacques Nicolas 1
* Auteur correspondant
1 SYMBIOSE - Biological systems and models, bioinformatics and sequences
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Résumé : Les structures de CRISPR sont des suites d'unités répétées largement présentes dans les génomes procaryotes mais absentes des génomes eucaryotes. Nous avons déjà réalisé une base de données relationnelle, Crispi, rassemblant l'ensemble des CRISPR, et alimentée en permanence par une mise à jour automatique. Il s'agit ici d'enrichir la base en ajoutant l'annotation des structures présentes dans les éléments CRISPR. L'identification de ces structures palindromiques (tige-boucles) a été réalisée à l'aide d'un modèle grammatical, en utilisant le logiciel de pattern-matching Logol. La définition du modèle de tige-boucle adapté aux CRISPRS a constitué un des points sensibles de ces travaux.
Type de document :
Rapport
[Rapport de recherche] PI-1986, 2011, pp.24
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Contributeur : Catherine Belleannée <>
Soumis le : mardi 20 décembre 2011 - 12:09:17
Dernière modification le : mercredi 16 mai 2018 - 11:23:05
Document(s) archivé(s) le : lundi 5 décembre 2016 - 08:36:32

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Citation

Christophe Vroland, Catherine Belleannée, Jacques Nicolas. Recherche et annotation des structures de CRISPR dans l'ensemble des génomes procaryotes. [Rapport de recherche] PI-1986, 2011, pp.24. 〈hal-00643408〉

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