Recherche et annotation des structures de CRISPR dans l'ensemble des génomes procaryotes

Christophe Vroland 1 Catherine Belleannée 1, * Jacques Nicolas 1
* Corresponding author
1 SYMBIOSE - Biological systems and models, bioinformatics and sequences
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Résumé : Les structures de CRISPR sont des suites d'unités répétées largement présentes dans les génomes procaryotes mais absentes des génomes eucaryotes. Nous avons déjà réalisé une base de données relationnelle, Crispi, rassemblant l'ensemble des CRISPR, et alimentée en permanence par une mise à jour automatique. Il s'agit ici d'enrichir la base en ajoutant l'annotation des structures présentes dans les éléments CRISPR. L'identification de ces structures palindromiques (tige-boucles) a été réalisée à l'aide d'un modèle grammatical, en utilisant le logiciel de pattern-matching Logol. La définition du modèle de tige-boucle adapté aux CRISPRS a constitué un des points sensibles de ces travaux.
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https://hal.inria.fr/hal-00643408
Contributor : Catherine Belleannée <>
Submitted on : Tuesday, December 20, 2011 - 12:09:17 PM
Last modification on : Friday, November 16, 2018 - 1:23:37 AM
Long-term archiving on : Monday, December 5, 2016 - 8:36:32 AM

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  • HAL Id : hal-00643408, version 1

Citation

Christophe Vroland, Catherine Belleannée, Jacques Nicolas. Recherche et annotation des structures de CRISPR dans l'ensemble des génomes procaryotes. [Rapport de recherche] PI-1986, 2011, pp.24. ⟨hal-00643408⟩

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