kisSplice, détection d'évènements d'épissages alternatifs dans les données RNA-seq

Gustavo Akio Tominaga Sacomoto 1 J. Kielbassa 1 Pavlos Antoniou 2 Rayan Chikhi 2 Raluca Uricaru 3 Marie-France Sagot 1, * Pierre Peterlongo 2 Vincent Lacroix 1
* Auteur correspondant
1 BAMBOO - An algorithmic view on genomes, cells, and environments
Inria Grenoble - Rhône-Alpes, LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive
2 SYMBIOSE - Biological systems and models, bioinformatics and sequences
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Résumé : Nous proposons une approche permettant l'identi cation de poly- morphismes dans les données RNA-seq. Nous nous plaçons dans le cadre où l'on ne dispose pas de génome de référence et où l'on ne construit pas par as- semblage un tel génome. Notre approche s'appuie sur l'idée fondamentale que chaque polymorphisme génère un motif reconnaissable dans le graphe de De- Bruijn construit à partir des données RNA-seq. Nous proposons un modèle général pour tout type de polymorphisme avant de proposer un algorithme ex- act pour la détection d'évènements d'épissages alternatifs. Nous montrons que cette approche détecte plus nement ces évènements que les approches basées sur l'assemblage des données. Nous avons appliqué notre approche sur un jeux de données de 71 millions de lectures provenant de cellules humaines. Ceci nous a permis d'identi er 3884 évènements, dont 57% n'étaient pas référencés dans les annotations. Ceci con rme les estimations récentes qui démontrent que la complexité de l'épissage alternative à largement été sous estimé jusqu'à présent.
Type de document :
Rapport
[Research Report] RR-7852, INRIA. 2011, pp.12
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Contributeur : Pierre Peterlongo <>
Soumis le : vendredi 20 janvier 2012 - 16:32:44
Dernière modification le : mardi 20 novembre 2018 - 09:32:15
Document(s) archivé(s) le : mercredi 14 décembre 2016 - 00:08:00

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Citation

Gustavo Akio Tominaga Sacomoto, J. Kielbassa, Pavlos Antoniou, Rayan Chikhi, Raluca Uricaru, et al.. kisSplice, détection d'évènements d'épissages alternatifs dans les données RNA-seq. [Research Report] RR-7852, INRIA. 2011, pp.12. 〈hal-00654249v2〉

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