CSA: Comprehensive comparison of pairwise protein structure alignments

Inken Wohlers 1, * Noël Malod-Dognin 2 Rumen Andonov 3 Gunnar W. Klau 1
* Auteur correspondant
2 ABS - Algorithms, Biology, Structure
CRISAM - Inria Sophia Antipolis - Méditerranée
3 GenScale - Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics
IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Résumé : CSA est un serveur web pour la comparaison compréhensible des alignements de paires de protéines. Son moteur d'alignement exact calcule, pour les scores de similarité basés sur les distances inter-résidus CMO (Contact Map Overlap maximization), PAUL, DALI et MATRAS, soit des alignements optimaux (ayant le plus haut score), soit des alignements heuristiques avec une garantie de qualité. Ces alignements, plus ceux uploadés par l'utilisateur, sont comparés en utilisant de nombreuses mesures de qualité et des visualisations intuitives. CSA apporte un nouveau regard sur les relations structurales entre paires de protéines, et constitue un outil précieux pour l'étude des similarités structurales. CSA est disponible sur http://csa.project.cwi.nl
Type de document :
Article dans une revue
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2012, 40, pp.303-309
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Contributeur : Rumen Andonov <>
Soumis le : lundi 13 février 2012 - 08:56:42
Dernière modification le : mercredi 11 avril 2018 - 02:00:20
Document(s) archivé(s) le : jeudi 22 novembre 2012 - 12:10:24

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Identifiants

  • HAL Id : hal-00667920, version 1
  • ARXIV : 1202.2670

Citation

Inken Wohlers, Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Gunnar W. Klau. CSA: Comprehensive comparison of pairwise protein structure alignments. Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2012, 40, pp.303-309. 〈hal-00667920〉

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