CSA: Comprehensive comparison of pairwise protein structure alignments - Archive ouverte HAL Access content directly
Journal Articles Nucleic Acids Research Year : 2012

CSA: Comprehensive comparison of pairwise protein structure alignments

(1) , (2) , (3) , (1)
1
2
3

Abstract

CSA is a web server for the comprehensive comparison of pairwise protein structure alignments. Its exact alignment engine computes either optimal, top-scoring alignments or heuristic alignments with quality guarantee for the inter-residue distance based scorings of contact map overlap, PAUL, DALI and MATRAS. These and additional, uploaded alignments are compared using a number of quality measures and intuitive visualizations. CSA brings new insight into the structural relationship of the protein pairs under investigation and is a valuable tool for studying structural similarities. It is available at http://csa.project.cwi.nl
CSA est un serveur web pour la comparaison compréhensible des alignements de paires de protéines. Son moteur d'alignement exact calcule, pour les scores de similarité basés sur les distances inter-résidus CMO (Contact Map Overlap maximization), PAUL, DALI et MATRAS, soit des alignements optimaux (ayant le plus haut score), soit des alignements heuristiques avec une garantie de qualité. Ces alignements, plus ceux uploadés par l'utilisateur, sont comparés en utilisant de nombreuses mesures de qualité et des visualisations intuitives. CSA apporte un nouveau regard sur les relations structurales entre paires de protéines, et constitue un outil précieux pour l'étude des similarités structurales. CSA est disponible sur http://csa.project.cwi.nl
Fichier principal
Vignette du fichier
RR-7874.pdf (718.73 Ko) Télécharger le fichier
Origin : Files produced by the author(s)
Loading...

Dates and versions

hal-00667920 , version 1 (13-02-2012)

Identifiers

Cite

Inken Wohlers, Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Gunnar W. Klau. CSA: Comprehensive comparison of pairwise protein structure alignments. Nucleic Acids Research, 2012, 40, pp.303-309. ⟨hal-00667920⟩
272 View
243 Download

Altmetric

Share

Gmail Facebook Twitter LinkedIn More