Recherche d'éléments structurés dans les génomes par modèles logiques

Antoine Rocheteau 1 Catherine Belleannée 1, *
* Auteur correspondant
1 Dyliss - Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences
Inria Rennes – Bretagne Atlantique , IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE
Résumé : Le recodage est un processus biologique qui permet une lecture alternative du message génétique. Ainsi, il permet la production de deux protéines distinctes en proportions différentes à partir d'une unique séquence d'ARN messager. Les travaux décrits ici concernent le ''décalage de cadre de lecture en -1'', dit ''frameshift -1'', qui est une des situations de recodage. Dans ce type d'événements, le décalage s'opère au sein d'une zone particulière de la séquence d'ARN en train d'être traduite, qu'on appelle ''fenêtre glissante'', et il est provoqué par une structure secondaire stable de l'ARN, de type pseudo-noeud, présente en aval de la fenêtre glissante. Le ribosome, en train d'effectuer la traduction, vient buter sur la structure, et recule alors d'un nucléotide. Nous avons élaboré une méthode de détection des événements de frameshift-1 basée sur l'utilisation de Logol, un outil de reconnaissance de motifs (pattern matching) développé par notre équipe Dyliss en collaboration avec la plateforme bioinformatique GenOuest. Des modèles Logol ont été élaborés et affinés afin de fournir une modélisation la plus fidèle possible des différents compartiments qui composent le ''motif de frameshift-1'', ce qui a permis au final de détecter avec une bonne précision les événements de décalage de phase en -1 présents dans un jeu de référence. L'approche est originale et se démarque par le fait qu'il n'y ait pas de véritable calcul de stabilité énergétique des structures secondaires recherchées (les pseudo-noeuds). Ces travaux ont amené à utiliser Logol de façon approfondie. Cela a contribué à le faire évoluer, par l'ajout de nouveaux éléments de langage utiles à la modélisation de séquences biologiques. Cela a également contribué à valider l'utilisation de cet outil générique au service de la recherche de motifs biologiques complexes.
Type de document :
Rapport
[Rapport de recherche] PI-1994, 2012, pp.30
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Contributeur : Catherine Belleannée <>
Soumis le : vendredi 15 juin 2012 - 17:56:16
Dernière modification le : mercredi 16 mai 2018 - 11:23:35
Document(s) archivé(s) le : jeudi 15 décembre 2016 - 15:36:14

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Citation

Antoine Rocheteau, Catherine Belleannée. Recherche d'éléments structurés dans les génomes par modèles logiques. [Rapport de recherche] PI-1994, 2012, pp.30. 〈hal-00684388v2〉

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