| HAL-Inria | Publications, software ... of Inria's scientists |
Journal articles
From Digital Genetics to Knowledge Discovery: Perspectives in Genetic Network Understanding
Guillaume Beslon
1, 2, 3
David P. Parsons
3, 1, 2
Jose-Maria Pena
Christophe Rigotti
4, 3, 1, 2
Yolanda Sanchez-Dehesa
3, 2
1
BEAGLE - Artificial Evolution and Computational Biology
LIRIS - Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information, Inria Grenoble - Rhône-Alpes, LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558
3
COMBINING - COMputational BIology and data miNING
LIRIS - Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information, Inria Grenoble - Rhône-Alpes
4
DM2L - Data Mining and Machine Learning
LIRIS - Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information
Guillaume Beslon 1, 2, 3
Mail :
Author IdHAL : gbeslon
David P. Parsons 3, 1, 2
Mail :
Author IdHAL : david-parsons
Jose-Maria Pena
Author
Christophe Rigotti 4, 3, 1, 2
Mail :
Author IdHAL : christophe-rigotti ORCID : https://orcid.org/0000-0003-1265-1479
Yolanda Sanchez-Dehesa 3, 2
Author
1
BEAGLE - Artificial Evolution and Computational Biology (Antenne INRIA Lyon la Doua Bâtiment CEI-1 66 Boulevard Niels Bohr 69603 Villeurbanne - France)
- LIRIS - Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (Bâtiment Blaise Pascal - 20, avenue Albert Einstein - 69621 Villeurbanne cedex - France)
- UL2 - Université Lumière - Lyon 2 (86, rue Pasteur - 69007 Lyon - France)
- ECL - École Centrale de Lyon (36 avenue Guy de Collongue - 69134 Ecully cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5205 (France)
- INSA Lyon - Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (20 Avenue Albert Einstein,
69621 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- INSA - Institut National des Sciences Appliquées (France)
- Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée
655 avenue de l'Europe
38330 Montbonnot - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
2
LIRIS - Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (Bâtiment Blaise Pascal - 20, avenue Albert Einstein - 69621 Villeurbanne cedex - France)
- UL2 - Université Lumière - Lyon 2 (86, rue Pasteur - 69007 Lyon - France)
- ECL - École Centrale de Lyon (36 avenue Guy de Collongue - 69134 Ecully cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5205 (France)
- INSA Lyon - Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (20 Avenue Albert Einstein,
69621 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- INSA - Institut National des Sciences Appliquées (France)
3
COMBINING - COMputational BIology and data miNING (LIRIS - Laboratoire d'Informatique en Image et Systèmes d'Information, Domaine Scientifique de la Doua, INSA Lyon Batiment Blaise Pascal 21, avenue Jean Capelle 69621 Villeurbanne Cedex - France)
- LIRIS - Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (Bâtiment Blaise Pascal - 20, avenue Albert Einstein - 69621 Villeurbanne cedex - France)
- UL2 - Université Lumière - Lyon 2 (86, rue Pasteur - 69007 Lyon - France)
- ECL - École Centrale de Lyon (36 avenue Guy de Collongue - 69134 Ecully cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5205 (France)
- INSA Lyon - Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (20 Avenue Albert Einstein,
69621 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- INSA - Institut National des Sciences Appliquées (France)
- Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée
655 avenue de l'Europe
38330 Montbonnot - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
4
DM2L - Data Mining and Machine Learning (France)
- LIRIS - Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (Bâtiment Blaise Pascal - 20, avenue Albert Einstein - 69621 Villeurbanne cedex - France)
- UL2 - Université Lumière - Lyon 2 (86, rue Pasteur - 69007 Lyon - France)
- ECL - École Centrale de Lyon (36 avenue Guy de Collongue - 69134 Ecully cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5205 (France)
- INSA Lyon - Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (20 Avenue Albert Einstein,
69621 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- INSA - Institut National des Sciences Appliquées (France)
Abstract : In this paper, we propose an original computational approach to assist knowledge discovery in complex biological networks. First, we present an integrated model of the evolution of regulation networks that can be used to uncover organization principles of such networks. Then, we propose to use the results of our model as a benchmark for knowledge discovery algorithms. We describe a first experiment of such benchmarking by using gene knock-out data generated from the modeled organisms.
Document type :
Journal articles
Domain :
Complete list of metadatas
https://hal.inria.fr/hal-00697024
Contributor : David Parsons <>
Submitted on : Monday, May 14, 2012 - 1:45:07 PM
Last modification on : Wednesday, July 8, 2020 - 12:43:50 PM
Contributor : David Parsons <>
Submitted on : Monday, May 14, 2012 - 1:45:07 PM
Last modification on : Wednesday, July 8, 2020 - 12:43:50 PM
Links full text
Identifiers
- HAL Id : hal-00697024, version 1
- DOI : 10.3233/IDA-2010-0415
Collections
CNRS | INRIA | EC-LYON | LIRIS | TDS-MACS | INSA-LYON | BIOENVIS | UNIV-LYON1 | CARMEN | INSA-GROUPE | LABEXIMU | UNIV-LYON2 | UDL
Citation
Guillaume Beslon, David P. Parsons, Jose-Maria Pena, Christophe Rigotti, Yolanda Sanchez-Dehesa. From Digital Genetics to Knowledge Discovery: Perspectives in Genetic Network Understanding. Intelligent Data Analysis, IOS Press, 2010, 14 (2), pp.173--191. ⟨10.3233/IDA-2010-0415⟩. ⟨hal-00697024⟩
Metrics
Record views