Recherche d'instances de motifs expressifs avec Logol. Application à la modélisation d'événements de frameshift -1

Catherine Belleannée 1 Olivier Sallou 2 Jacques Nicolas 1
1 Dyliss - Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences
Inria Rennes – Bretagne Atlantique , IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE
2 Plateforme bioinformatique GenOuest [Rennes]
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, UR1 - Université de Rennes 1, Plateforme Génomique Santé Biogenouest®, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Résumé : L'état de la pratique des outils de reconnaissance de motifs et l'écart qui peut être observé avec les besoins réels de modélisation des personnes en charge de l'analyse des structures génomiques montrent clairement le besoin de langages de plus haut niveau pour décrire et rechercher ces structures dans les séquences génomiques. Il apparaît ainsi nécessaire de proposer de nouveaux outils permettant de définir des modèles expressifs de familles de séquences biologiques, modèles basés à la fois sur le contenu et la structure des séquences. Cet article présente Logol, une application de reconnaissance de motifs conçue pour analyser des séquences potentiellement grandes avec des motifs biologiques réalistes. Logol est constitué d'un langage de description de motifs et de la suite logicielle associée, permettant de réaliser effectivement l'analyse de séquences (d'ADN, ARN ou protéines) avec ces motifs. Le langage, basé sur un formalisme grammatical de haut niveau, permet d'exprimer des motifs flexibles (autorisant substitutions et indels) composés à la fois d'éléments de séquences et de structures (tels que des répétitions ou des pseudo-noeuds). La suite logicielle est accessible sur le web, sur la plateforme bioinformatique GenOuest http://www.genouest.org/. Elle contient notamment deux interfaces, l'une pour dessiner graphiquement le modèle de motif et la seconde pour afficher les résultats comme des instances de ce modèle. Logol est présenté au travers d'une application illustrant les concepts utiles via l'utilisation d'un modèle de motif assez riche. Il s'agit de la détection d'événements de décalage de phase en -1 dans les ARN messagers.
Type de document :
Communication dans un congrès
JOBIM 2012- 13e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2012, Rennes, France. pp.5-14, 2012, 〈http://jobim2012.inria.fr/jobim_actes_2012_online.pdf〉
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Contributeur : Catherine Belleannée <>
Soumis le : vendredi 31 août 2012 - 12:03:55
Dernière modification le : mercredi 16 mai 2018 - 11:23:53
Document(s) archivé(s) le : samedi 1 décembre 2012 - 03:31:08

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Citation

Catherine Belleannée, Olivier Sallou, Jacques Nicolas. Recherche d'instances de motifs expressifs avec Logol. Application à la modélisation d'événements de frameshift -1. JOBIM 2012- 13e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2012, Rennes, France. pp.5-14, 2012, 〈http://jobim2012.inria.fr/jobim_actes_2012_online.pdf〉. 〈hal-00726791〉

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