NRPS toolbox for the discovery of new nonribosomal peptides and synthetases

Maude Pupin 1, 2 Malika Smaïl-Tabbone 3 Philippe Jacques 4 Marie-Dominique Devignes 3, * Valérie Leclère 4
* Auteur correspondant
2 BONSAI - Bioinformatics and Sequence Analysis
LIFL - Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille, Inria Lille - Nord Europe
3 ORPAILLEUR - Knowledge representation, reasonning
Inria Nancy - Grand Est, LORIA - NLPKD - Department of Natural Language Processing & Knowledge Discovery
Abstract : Nonribosomal peptide synthetases are huge multi-enzymatic complexes synthesizing peptides, but not through the classical process of transcription and then translation. The synthetases are organised in modules, each one integrating an amino acid in the final peptide. The modules are divided in domains providing specialized activities. So, those enzymes are as diverse as their products. We present our toolbox designed to annotate them accurately and promising results obtained on some Burkholderia, Bacillus and Pseudomonas genomes.
Type de document :
Communication dans un congrès
François Coste et Denis Tagu. Journées Ouvertes en Biologie, l'Informatique et les Mathématiques - JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France. pp.89-93, 2012
Liste complète des métadonnées

https://hal.inria.fr/hal-00734312
Contributeur : Malika Smail-Tabbone <>
Soumis le : vendredi 21 septembre 2012 - 13:49:51
Dernière modification le : jeudi 22 septembre 2016 - 14:33:19
Document(s) archivé(s) le : samedi 22 décembre 2012 - 03:37:03

Fichier

nrps_toolbox_jobim_2012.pdf
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Identifiants

  • HAL Id : hal-00734312, version 1

Citation

Maude Pupin, Malika Smaïl-Tabbone, Philippe Jacques, Marie-Dominique Devignes, Valérie Leclère. NRPS toolbox for the discovery of new nonribosomal peptides and synthetases. François Coste et Denis Tagu. Journées Ouvertes en Biologie, l'Informatique et les Mathématiques - JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France. pp.89-93, 2012. <hal-00734312>

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