Annoter un ensemble de documents informels à l'aide de représentations formelles appelle plusieurs questions qui doivent trouver une réponse si l'on veut développer un système cohérent. Ces questions sont liées à la forme et à l'objet des représentations retenues, à la nécessité d'utiliser de la connaissance indépendante du contenu des documents (ontologies, connaissance de contexte) et au statut du système résultant (grande base de connaissance ou éléments de connaissance distribués). Ces questions sont décrites et illustrées par l'annotation de résumés d'articles en génétique moléculaire.