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Journal articles
Global analysis of DNA methylation and transcription of human repetitive sequences.
Béatrice Horard
1
Angéline Eymery
2
Geneviève Fourel
1
Nikita Vassetzky
3
Jacques Puechberty
4
Gérard Roizes
4
Kevin Lebrigand
5
Pascal Barbry
5
Aurélie Laugraud
6
Christian Gautier
7, 8
Elsa Ben Simon
1
Frédéric Devaux
9
Frédérique Magdinier
1
Claire Vourc'H
2
Eric Gilson
1
7
BAMBOO - An algorithmic view on genomes, cells, and environments
Inria Grenoble - Rhône-Alpes, LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558
Béatrice Horard 1
Mail :
Author IdHAL : beatrice-horard
Angéline Eymery 2
Author
Geneviève Fourel 1
Author
Nikita Vassetzky 3
Author
Aurélie Laugraud 6
Author
Christian Gautier 7, 8
Author Employer institution : Université Claude Bernard Lyon 1
Elsa Ben Simon 1
Author
Frédéric Devaux 9
Author
Frédérique Magdinier 1
Mail :
Author IdHAL : frederique-magdinier ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/I-4735-2016 ORCID : https://orcid.org/0000-0002-0159-9559
Claire Vourc'H 2
Author
Eric Gilson 1
Author
1
LBMC - Laboratoire de Biologie Moléculaire de la Cellule (46 allée d'Italie 69364 Lyon Cedex 07 - France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : U1210 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5161 (France)
- ENS Lyon - École normale supérieure - Lyon (15 parvis René Descartes - BP 7000 - 69342 Lyon Cedex 07 - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
2
INSERM U823 - Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble (Institut Albert Bonniot, BP170, 38042 Grenoble Cedex 9 - France)
- UJF - Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (BP 53 - 38041 Grenoble Cedex 9 - France)
- CHU Grenoble (France)
- EFS (France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : U823 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
3
ISTC - Engelhardt Institute of Molecular Biology (32, ul. Vavilova, 119991 Moscow - Russia)
- RAS - Russian Academy of Sciences [Moscow] (Leninsky Ave, 14, Moscow, Russie, 119991 - Russia)
4
IGH - Institut de génétique humaine (institut de Génétique humaine 141 Rue de la Cardonille 34396 MONTPELLIER CEDEX 5 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UPR1142 (France)
- UM - Université de Montpellier : UMR 9002 (163 rue Auguste Broussonnet - 34090 Montpellier - France)
5
IPMC - Institut de pharmacologie moléculaire et cellulaire (CNRS-IPMC 660 Route des lucioles 06560 VALBONNE - France)
- UNS - Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (Parc Valrose - BP 2135 - 06103 Nice cedex 2 - France)
- COMUE UCA - COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (Parc Valrose, 28 avenue Valrose 06108 Nice Cedex 2 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6097 (France)
6
LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France)
7
BAMBOO - An algorithmic view on genomes, cells, and environments (Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive. UMR CNRS 5558 Campus de La Doua - Université Claude Bernard - Lyon 1 Bâtiment Grégoire Mendel - 16 rue Raphael Dubois 69 100 Villeurbanne -- INRIA Grenoble - Rhône-Alpes Inovallée 655 avenue de l'Europe -Montbonnot 38 334 Saint Ismier Cedex France - France)
- Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée
655 avenue de l'Europe
38330 Montbonnot - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
8
Baobab (LBBE
43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- PEGASE - Département PEGASE [LBBE] (LBBE
43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
9
LGM - Génomique des Microorganismes (Génomique des Microorganismes UMR 7238 CNRS-Université Pierre et Marie Curie Site des Cordeliers Bât. A - 4ème étage, 15, Rue de l'Ecole de Médecine 75006 Paris, France - France)
- UPMC - Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (4 place Jussieu - 75005 Paris - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR7238 (France)
Abstract : Half of the human genome consists of repetitive DNA sequences. Recent studies in various organisms highlight the role of chromatin regulation of repetitive DNA in gene regulation as well as in maintainance of chromosomes and genome integrity. Hence, repetitive DNA sequences might be potential "sensors" for chromatin changes associated with pathogenesis. Therefore, we developed a new genomic tool called RepArray. RepArray is a repeat-specific microarray composed of a representative set of human repeated sequences including transposon-derived repeats, simple sequences repeats, tandemly repeated sequences such as centromeres and telomeres. We showed that combined to anti-methylcytosine immunoprecipitation assay, the RepArray can be used to generate repeat-specific methylation maps. Using cell lines impaired chemically or genetically for DNA methyltransferases activities, we were able to distinguish different epigenomes demonstrating that repeats can be used as markers of genome-wide methylation changes. Besides, using a well-documented system model, the thermal stress, we demonstrated that RepArray is also a fast and reliable tool to obtain an overview of overall transcriptional activity on whole repetitive compartment in a given cell type. Thus, the RepArray represents the first valuable tool for systematic and genome-wide analyses of the methylation and transcriptional status of the repetitive counterpart of the human genome.
Document type :
Journal articles
Domain :
Complete list of metadatas
https://hal.inria.fr/hal-00851248
Contributor : Marie-France Sagot <>
Submitted on : Wednesday, December 20, 2017 - 9:54:02 AM
Last modification on : Tuesday, June 30, 2020 - 1:20:18 PM
Contributor : Marie-France Sagot <>
Submitted on : Wednesday, December 20, 2017 - 9:54:02 AM
Last modification on : Tuesday, June 30, 2020 - 1:20:18 PM
File
Global analysis of DNA methyla...
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Identifiers
- HAL Id : hal-00851248, version 1
- DOI : 10.4161/epi.4.5.9284
- PRODINRA : 249048
- PUBMED : 19633427
Collections
LCQB | BAMBOO | IBPS | BIOENVIS | LCQB-GN | U823 | UNIV-MONTPELLIER | UNICE | UPMC | UGA | CNRS | INRIA | BS | UNIV-COTEDAZUR | UNIV-LYON1 | SORBONNE-UNIVERSITE | ENS-LYON | SU-SCIENCES | UDL
Citation
Béatrice Horard, Angéline Eymery, Geneviève Fourel, Nikita Vassetzky, Jacques Puechberty, et al.. Global analysis of DNA methylation and transcription of human repetitive sequences.. Epigenetics, Taylor & Francis, 2009, 4 (5), pp.339-50. ⟨10.4161/epi.4.5.9284⟩. ⟨hal-00851248⟩
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