Suivi de la leucémie résiduelle par séquençage haut-débit

Mathieu Giraud 1, 2 Mikaël Salson 2, 1 Marc Duez 2, 1 Jean-Stéphane Varré 2, 1 Céline Villenet 3 Sabine Quief 4 Aurélie Caillault 5 Nathalie Grardel 5 Christophe Roumier 5, 6 Claude Preudhomme 5, 6 Martin Figeac 3
1 BONSAI - Bioinformatics and Sequence Analysis
LIFL - Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille, Inria Lille - Nord Europe
2 LIFL - Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille
3 Plateforme de génomique fonctionnelle et structurelle [Lille]
4 IRCL - Institut pour la recherche sur le cancer de Lille [Lille]
5 Service d'Hématologie Cellulaire [Lille]
6 Institut de recherche sur le cancer
Résumé : Le séquençage à haut débit offre de nouvelles perspectives pour le suivi de la leucémie. Nous proposons un algorithme pouvant traiter des millions de séquences, capable de différencier les réarrangements V(D)J qui s'opèrent au sein des lymphocytes, et de les quantifier. Il est désormais possible de suivre une population clonale de lymphocytes ou de lymphoblastes au cours du temps et, en pathologie, de mesurer sa réaction au traitement. La méthode proposée est implémentée dans un logiciel open-source appelé Vidjil, et testée sur plusieurs échantillons d'un patient atteint de leucémie aiguë lymphoblastique.
Type de document :
Communication dans un congrès
JOBIM, Jul 2013, Toulouse, France. 2013
Liste complète des métadonnées
https://hal.inria.fr/hal-00857581
Contributeur : Mikaël Salson <>
Soumis le : mardi 3 septembre 2013 - 16:52:33
Dernière modification le : vendredi 8 janvier 2016 - 01:06:54

Identifiants

  • HAL Id : hal-00857581, version 1

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Citation

Mathieu Giraud, Mikaël Salson, Marc Duez, Jean-Stéphane Varré, Céline Villenet, et al.. Suivi de la leucémie résiduelle par séquençage haut-débit. JOBIM, Jul 2013, Toulouse, France. 2013. <hal-00857581>

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