Analysis of pattern overlaps and exact computation of P-values of pattern occurrences numbers: case of Hidden Markov Models

Mireille Régnier 1, 2, 3 Evgenia Furletova 4 Victor Yakovlev 4 Mikhail Roytberg 5, 6
3 AMIB - Algorithms and Models for Integrative Biology
LIX - Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique [Palaiseau], LRI - Laboratoire de Recherche en Informatique, UP11 - Université Paris-Sud - Paris 11, Inria Saclay - Ile de France, X - École polytechnique, CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR8623
Résumé : Cet article présente un nouvel algorithme, SufPref, qui calcule la pvaleur pour un ensemble de mots qui prend en compte les modèles de Markov cachés (HMM). Il est implémenté en C++ et peut être utilisé en ligne ou téléchargé.
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Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2014, 9 (1), 〈10.1186/s13015-014-0025-1〉
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Contributeur : Mireille Regnier <>
Soumis le : jeudi 5 septembre 2013 - 17:46:05
Dernière modification le : jeudi 10 mai 2018 - 02:06:32
Document(s) archivé(s) le : jeudi 6 avril 2017 - 16:00:35

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Mireille Régnier, Evgenia Furletova, Victor Yakovlev, Mikhail Roytberg. Analysis of pattern overlaps and exact computation of P-values of pattern occurrences numbers: case of Hidden Markov Models. Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2014, 9 (1), 〈10.1186/s13015-014-0025-1〉. 〈hal-00858701〉

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