En écologie, la compréhension de la biodiversité observée dans les écosystèmes naturels est un enjeu important. Plusieurs modèles ont été proposés pour expliquer cette biodiversité, et en particulier la coexistence de différentes espèces dans un même écosystème. Dans ces modèles, on suppose souvent que, lorsqu'ils meurent, les micro-organismes sont directement convertis en une ressource assimilable, c'est à dire une ressource que les organismes vivants peuvent consommer directement. Il est cependant bien connu que ce n'est pas le cas dans la réalité. En effet, la matière organique issue des organismes morts doit d'abord être transformée pour devenir une ressource assimilable. Cette transformation est effectuée généralement par certains micro-organismes qui se distinguent des autres par cette capacité qui leur est propre. Le but du stage était de proposer un modèle d'écosystème de sol tenant compte de la transformation des ressources par les micro-organismes, et de l'étudier à la fois analytiquement et numériquement.