Les universités comme toutes les organisations doivent aujourd'hui s'adapter de plus en plus vite aux évolutions stratégiques, organisationnelles et techniques. L'université doit pouvoir être flexible, capable d'aligner en temps réel ses processus sur les besoins des usagers (étudiants et personnels) en respectant les contraintes environnementales (ministère, CNRS, etc.) et en tenant compte des évolutions technologiques. Ceci passe en particulier par une bonne maîtrise de ses processus métier. Dans ce but, l'objectif principal de la thèse concerne la proposition d'une méthode de modélisation des processus métier des universités permettant d'identifier, modéliser, simuler, optimiser, exécuter et faire évoluer leurs processus métier en fonction de ces changements. En effet, s'il existe aujourd'hui une infinité de langages de modélisation et d'outils pour représenter ces langages, peu de choses sont proposées en ce qui concerne les démarches de modélisation. La démarche proposée devra prendre en compte les spécificités des universités que nous décrivons ci-dessous.