Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach - Inria - Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique Accéder directement au contenu
Communication Dans Un Congrès Année : 2014

Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach

Résumé

We consider a recently introduced dynamic programming scheme to compute parsimonious evolutionary scenarios for gene adjacencies. We extend this scheme to sample evolutionary scenarios from the whole solution space under the Boltzmann distribution. We apply our algorithms to a dataset of mammalian gene trees and adjacencies, and observe a significant reduction of the number of syntenic inconsistencies observed in the resulting ancestral gene adjacencies.
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Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Dates et versions

hal-01056140 , version 1 (15-08-2014)
hal-01056140 , version 2 (19-08-2014)

Identifiants

  • HAL Id : hal-01056140 , version 1

Citer

Cedric Chauve, Yann Ponty, João Paulo Pereira Zanetti. Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach. Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'14), Oct 2014, Belo Horizonte, Brazil. pp.TBA. ⟨hal-01056140v1⟩
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