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Master thesis

Identification in silico du site de fixation à l’ARN de la protéine PTBP1 : découverte de motifs par utilisation de l’outil RSAT via des données CLIP-Seq publiques

Résumé : La PTBP1 est une protéine de liaison à l’ARN qui participe activement dans la régulation de l’épissage alternatif. Elle contribue au développement de l’ARN mature en formant des complexes avec l’ARN pré-messager à l’aide de quatre motifs de liaison, appelés RRMs. L’identification des sites de fixation de la PTBP1 passe par la méthode du CLIP-Seq qui va détecter les séquences ARNs liées à la protéine. Ensuite, une analyse de découverte permet de caractériser les signaux biologiques présents dans le jeu de séquences CLIP-Seq. L’objectif biologique de cette étude concerne le traitement des données publiques de CLIP-Seq de PTBP1 en utilisant de méthodes d'analyses récentes afin d'affiner la reconnaissance des motifs de fixation de PTBP1. La finalité est d’améliorer la prédiction in silico de la fixation de la PTBP1 sur des ARNs. Un second objectif méthodologique est d’explorer l'outil «Peak-motifs» de la suite logicielle RSAT, dédié à la découverte de motifs, sur des données CLIP-Seq de PTBP1. Cette analyse a conduit à la construction de plusieurs jeux de données positifs et négatifs afin d’affiner la recherche de motifs. Nos résultats démontrent la compatibilité de RSAT, initialement conçu pour l’analyse CHIP-Seq, aux données CLIP-Seq. L’amélioration des jeux positifs et négatifs nous a aidé à discriminer de nombreux éléments surreprésentés dans les analyses. Des expériences supplémentaires à partir de gènes cibles connus de la PTBP1 viseront à valider les motifs identifiés au cours de cette étude.
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https://hal.inria.fr/hal-01150890
Contributor : Catherine Belleannée <>
Submitted on : Tuesday, May 12, 2015 - 10:37:35 AM
Last modification on : Thursday, October 8, 2020 - 3:07:02 AM
Long-term archiving on: : Wednesday, April 19, 2017 - 10:00:20 PM

Identifiers

  • HAL Id : hal-01150890, version 1

Citation

Léa Fléchon, Stéphanie Mottier, Aymeric Antoine-Lorquin, Catherine Belleannée. Identification in silico du site de fixation à l’ARN de la protéine PTBP1 : découverte de motifs par utilisation de l’outil RSAT via des données CLIP-Seq publiques. Bio-informatique [q-bio.QM]. 2014. ⟨hal-01150890⟩

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