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Conference Papers Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science Year : 2010

Counting RNA pseudoknotted structures (extended abstract)

(1, 2) , (3, 4) , (4, 3) , (1, 5, 3)
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Abstract

In 2004, Condon and coauthors gave a hierarchical classification of exact RNA structure prediction algorithms according to the generality of structure classes that they handle. We complete this classification by adding two recent prediction algorithms. More importantly, we precisely quantify the hierarchy by giving closed or asymptotic formulas for the theoretical number of structures of given size n in all the classes but one. This allows to assess the tradeoff between the expressiveness and the computational complexity of RNA structure prediction algorithms. \par
En 2004, Condon et ses coauteurs ont défini une classification des algorithmes exacts de prédiction de structure d'ARN, selon le degré de généralité des classes de structures qu'ils sont capables de prédire. Nous complétons cette classification en y ajoutant deux algorithmes récents. Chose plus importante, nous quantifions la hiérarchie des algorithmes, en donnant des formules closes ou asymptotiques pour le nombre théorique de structures de taille donnée n dans chacune des classes, sauf une. Ceci fournit un moyen d'évaluer, pour chaque algorithme, le compromis entre son degré de généralité et sa complexité.
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Dates and versions

hal-01186262 , version 1 (24-08-2015)

Identifiers

Cite

Cédric Saule, Mireille Regnier, Jean-Marc Steyaert, Alain Denise. Counting RNA pseudoknotted structures (extended abstract). 22nd International Conference on Formal Power Series and Algebraic Combinatorics (FPSAC 2010), 2010, San Francisco, United States. pp.1037-1048, ⟨10.46298/dmtcs.2834⟩. ⟨hal-01186262⟩
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