Comparaison des cibles d’une matrice de score et d’une expression régulière. Application à la recherche de sites de fixation du facteur de transcription LXR

Résumé : En bio-informatique, il est habituel de rechercher de nouvelles instances d'un modèle construit à partir d'un ensemble de séquences de référence. Dans la majorité des cas, les plus simples, ces modèles sont représentés soit par des expressions régulières, soit par les matrices de score. Dans le cas des expressions régulières, le résultat d'une analyse est binaire (acceptation ou rejet). Dans le cas des matrices de score, un score indique la qualité du résultat. Si, en pratique, ces deux représentations semblent pouvoir être utilisées indifféremment , on peut se demander si elles ont un impact sur le résultat. Y'a-t-il une meilleure représentation ? Comment fixer le seuil d'acceptabilité d'une matrice de score ? Autoriser des mutations sur une expression régulière est-il comparable à faire varier le seuil d'acceptation d'une matrice? Ce sont des questions évoquées dans ce papier, au travers du cas d'application du site de fixation de LXR. Cette étude compare les occurrences obtenues avec une matrice de score et avec une expression régulière autorisant jusqu'à deux substitutions. Elle montre que, dans notre étude LXR, les séquences obtenues avec une matrice de score sont plus proches des références que les séquences obtenues par l'expression régulière.
Type de document :
Communication dans un congrès
JOBIM 2015- 16e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 〈http://www6.inra.fr/jobim2015〉
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Contributeur : Catherine Belleannée <>
Soumis le : vendredi 11 septembre 2015 - 08:49:22
Dernière modification le : mercredi 16 mai 2018 - 11:23:35
Document(s) archivé(s) le : mardi 29 décembre 2015 - 00:15:58

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Aymeric Antoine-Lorquin, Sandrine Lagarrigue, Frédéric Lecerf, Jacques Nicolas, Catherine Belleannée. Comparaison des cibles d’une matrice de score et d’une expression régulière. Application à la recherche de sites de fixation du facteur de transcription LXR. JOBIM 2015- 16e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 〈http://www6.inra.fr/jobim2015〉. 〈hal-01197050〉

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