Evaluation des logiciels d'assemblage utilisant des lectures longues - Inria - Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique Accéder directement au contenu
Rapport (Rapport De Recherche) Année : 2016

Evaluation des logiciels d'assemblage utilisant des lectures longues

Résumé

Ce rapport compare plusieurs programmes d'assemblage de génomes qui utilisent les technologies de séquençage de 3ème génération (longues lectures). Les expérimentations ont été faites sur 4 génomes de référence et les résultats évalués avec le logiciel QUAST. Les 8 logiciels d'assemblage évalués sont : Celera Assembler, Falcon, Miniasm, Newbler, SGA Assembler, DBG2OLC, Spades et Cerulean. Les 5 premiers n'utilisent que des longues lectures tandis que les 3 derniers mixent longues et courtes lectures.
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Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Dates et versions

hal-01282892 , version 1 (08-03-2016)
hal-01282892 , version 2 (22-11-2016)

Identifiants

  • HAL Id : hal-01282892 , version 1

Citer

Laurent Bouri, Dominique Lavenier. Evaluation des logiciels d'assemblage utilisant des lectures longues. [Rapport de recherche] RT-0475, INRIA Rennes - Bretagne Atlantique. 2016. ⟨hal-01282892v1⟩
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