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Reports

Evaluation des logiciels d'assemblage utilisant des lectures longues

Laurent Bouri 1 Dominique Lavenier 1
1 GenScale - Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics
Inria Rennes – Bretagne Atlantique , IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE
Résumé : Ce rapport compare plusieurs programmes d'assemblage de génomes qui utilisent les technologies de séquençage de 3ème génération (longues lectures). Les expérimentations ont été faites sur 4 génomes de référence et les résultats évalués avec le logiciel QUAST. Les 11 logiciels d'assemblage évalués sont : Celera Assembler, Falcon, Miniasm, Newbler, SGA Assembler, Smart-denovo, Abruijn, RA, DBG2OLC, Spades et Cerulean. Les 8 premiers n'utilisent que des longues lectures tandis que les 3 derniers mixent longues et courtes lectures.
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https://hal.inria.fr/hal-01282892
Contributor : Dominique Lavenier <>
Submitted on : Tuesday, November 22, 2016 - 11:04:55 AM
Last modification on : Friday, March 6, 2020 - 1:33:50 AM
Document(s) archivé(s) le : Tuesday, March 21, 2017 - 10:46:01 AM

File

RR_Inria_5_1.pdf
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Identifiers

  • HAL Id : hal-01282892, version 2

Citation

Laurent Bouri, Dominique Lavenier. Evaluation des logiciels d'assemblage utilisant des lectures longues. [Rapport de recherche] RT-0475, INRIA Rennes - Bretagne Atlantique. 2016. ⟨hal-01282892v2⟩

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