Evaluation des logiciels d'assemblage utilisant des lectures longues - Archive ouverte HAL Access content directly
Reports (Research Report) Year : 2016

Evaluation des logiciels d'assemblage utilisant des lectures longues

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Abstract

Ce rapport compare plusieurs programmes d'assemblage de génomes qui utilisent les technologies de séquençage de 3ème génération (longues lectures). Les expérimentations ont été faites sur 4 génomes de référence et les résultats évalués avec le logiciel QUAST. Les 11 logiciels d'assemblage évalués sont : Celera Assembler, Falcon, Miniasm, Newbler, SGA Assembler, Smart-denovo, Abruijn, RA, DBG2OLC, Spades et Cerulean. Les 8 premiers n'utilisent que des longues lectures tandis que les 3 derniers mixent longues et courtes lectures.
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Dates and versions

hal-01282892 , version 1 (08-03-2016)
hal-01282892 , version 2 (22-11-2016)

Identifiers

  • HAL Id : hal-01282892 , version 2

Cite

Laurent Bouri, Dominique Lavenier. Evaluation des logiciels d'assemblage utilisant des lectures longues. [Rapport de recherche] RT-0475, INRIA Rennes - Bretagne Atlantique. 2016. ⟨hal-01282892v2⟩
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