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Reports
Evaluation des logiciels d'assemblage utilisant des lectures longues
Résumé : Ce rapport compare plusieurs programmes d'assemblage de génomes qui utilisent les technologies de séquençage de 3ème génération (longues lectures). Les expérimentations ont été faites sur 4 génomes de référence et les résultats évalués avec le logiciel QUAST.
Les 11 logiciels d'assemblage évalués sont : Celera Assembler, Falcon, Miniasm, Newbler, SGA Assembler, Smart-denovo, Abruijn, RA, DBG2OLC, Spades et Cerulean. Les 8 premiers n'utilisent que des longues lectures tandis que les 3 derniers mixent longues et courtes lectures.
Cited literature [13 references]
https://hal.inria.fr/hal-01282892
Contributor : Dominique Lavenier <>
Submitted on : Tuesday, November 22, 2016 - 11:04:55 AM
Last modification on : Friday, March 6, 2020 - 1:33:50 AM
Document(s) archivé(s) le : Tuesday, March 21, 2017 - 10:46:01 AM
Contributor : Dominique Lavenier <>
Submitted on : Tuesday, November 22, 2016 - 11:04:55 AM
Last modification on : Friday, March 6, 2020 - 1:33:50 AM
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RR_Inria_5_1.pdf
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