Evaluation des logiciels d'assemblage utilisant des lectures longues

Laurent Bouri 1 Dominique Lavenier 1
1 GenScale - Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics
Inria Rennes – Bretagne Atlantique , IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE
Résumé : Ce rapport compare plusieurs programmes d'assemblage de génomes qui utilisent les technologies de séquençage de 3ème génération (longues lectures). Les expérimentations ont été faites sur 4 génomes de référence et les résultats évalués avec le logiciel QUAST. Les 11 logiciels d'assemblage évalués sont : Celera Assembler, Falcon, Miniasm, Newbler, SGA Assembler, Smart-denovo, Abruijn, RA, DBG2OLC, Spades et Cerulean. Les 8 premiers n'utilisent que des longues lectures tandis que les 3 derniers mixent longues et courtes lectures.
Type de document :
Rapport
[Rapport de recherche] RT-0475, INRIA Rennes - Bretagne Atlantique. 2016
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Contributeur : Dominique Lavenier <>
Soumis le : mardi 22 novembre 2016 - 11:04:55
Dernière modification le : mercredi 11 avril 2018 - 02:00:19
Document(s) archivé(s) le : mardi 21 mars 2017 - 10:46:01

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Laurent Bouri, Dominique Lavenier. Evaluation des logiciels d'assemblage utilisant des lectures longues. [Rapport de recherche] RT-0475, INRIA Rennes - Bretagne Atlantique. 2016. 〈hal-01282892v2〉

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