| HAL-Inria | Publications, software ... of Inria's scientists |
Reports
Evaluation des logiciels d'assemblage utilisant des lectures longues
Résumé : Ce rapport compare plusieurs programmes d'assemblage de génomes qui utilisent les technologies de séquençage de 3ème génération (longues lectures). Les expérimentations ont été faites sur 4 génomes de référence et les résultats évalués avec le logiciel QUAST.
Les 11 logiciels d'assemblage évalués sont : Celera Assembler, Falcon, Miniasm, Newbler, SGA Assembler, Smart-denovo, Abruijn, RA, DBG2OLC, Spades et Cerulean. Les 8 premiers n'utilisent que des longues lectures tandis que les 3 derniers mixent longues et courtes lectures.
Cited literature [13 references]
https://hal.inria.fr/hal-01282892
Contributor : Dominique Lavenier Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Tuesday, November 22, 2016 - 11:04:55 AM
Last modification on : Wednesday, November 3, 2021 - 6:05:25 AM
Long-term archiving on: : Tuesday, March 21, 2017 - 10:46:01 AM
Contributor : Dominique Lavenier Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Tuesday, November 22, 2016 - 11:04:55 AM
Last modification on : Wednesday, November 3, 2021 - 6:05:25 AM
Long-term archiving on: : Tuesday, March 21, 2017 - 10:46:01 AM
File
RR_Inria_5_1.pdf
Files produced by the author(s)