Towards structural models for the Ebola UTR regions using experimental SHAPE probing data

Afaf Saaidi 1, 2 Delphine Allouche 3 Bruno Sargueil 3 Yann Ponty 1, 2
1 AMIB - Algorithms and Models for Integrative Biology
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR8623, X - École polytechnique, Inria Saclay - Ile de France, UP11 - Université Paris-Sud - Paris 11, LRI - Laboratoire de Recherche en Informatique, LIX - Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique [Palaiseau]
Abstract : Next-Generation Sequencing (NGS) technologies have opened new perspectives to refine the process of predicting the secondary structure(s) of structured non-coding RNAs. Herein, we describe an integrated modeling strategy, based on the SHAPE chemistry, to infer structural insight from deep se-quencing data. Our approach is based on a pseudo-energy minimization, incorporating additional information from evolutionary data (compensatory mutations) and SHAPE experiments (reactivity scores) within an iterative procedure. Preliminary results reveal conserved and stable structures within UTRs of the Ebola Genome, that are both thermodynamically-stable and highly supported by SHAPE accessibility analysis.
Type de document :
Communication dans un congrès
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - 2016, Jun 2016, Lyon, France. 2016, 〈https://jobim2016.sciencesconf.org/〉
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Contributeur : Yann Ponty <>
Soumis le : mercredi 15 juin 2016 - 20:49:42
Dernière modification le : jeudi 10 mai 2018 - 02:06:52

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Afaf Saaidi, Delphine Allouche, Bruno Sargueil, Yann Ponty. Towards structural models for the Ebola UTR regions using experimental SHAPE probing data. JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - 2016, Jun 2016, Lyon, France. 2016, 〈https://jobim2016.sciencesconf.org/〉. 〈hal-01332469〉

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