La nécessité de faire cohabiter les savoirs issus de méthodes et traditions différentes constitue l'enjeu majeur de l'innovation scientifique depuis l'invention de la science moderne. Au-delà de cette hétérogénéité des données se pose le problème de leur interprétation, que l'on a longtemps cherché à résoudre à travers le réductionnisme, qui consiste à considérer un ensemble théorique comme faisant partie intégrante d'un autre ensemble que l'on maîtrise. Cela ne saurait se faire sans perte ou, à tout le moins, sans déformation. Si elle peut se révéler pertinente dans certains cas, sitôt que l'on considère celui de sciences véritablement indépendantes, la méthode devient vite problématique. Considérons par exemple la technologie et la psychologie : la réduction amène à penser le cerveau comme un analogue de l'ordinateur. L'expérience nous montre toutefois que cette idée est proprement fausse, ce qui impose alors d'envisager une autre manière de faire dialoguer les savoirs sans les dénaturer. Prise comme méthode en épistémologie, l'intégration repose sur l'établissement d'une hyperthéorie. Cette via media doit se construire en analysant les concepts centraux de chaque science ainsi que les principes qui les mettent en relation. En prenant pour principes de cette hyperthéorie les règles de projection d'un domaine à l'autre, il devient possible d'établir une réelle transdisciplinarité. L'autre intérêt majeur de ce mode de pensée réside dans son universalité. Dans la mesure où elle repose sur un métalangage, il est possible d'envisager l'intégration conjointe de divers ensembles théoriques, mais il devient surtout possible de développer des moyens objectifs, de comparer différentes positions au sujet d'un problème donné et, par là même, d'en rendre l'application plus sûre. Cette validation " par construction " des ensembles théoriques trouve tout son sens lorsque l'on s'attaque aux problèmes posés par la convergence des techniques NBIC (Nanotechnologies, biotechnologies, informatique et sciences cognitives), dans la mesure où ces dernières sont issues de sciences fondamentalement différentes les unes des autres. A travers le problème de la conception des systèmes Homme-Machine, on analysera comment il est possible de conceptualiser l'humain et le technique par les deux notions d'intégration et de système.