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Journal articles
SimkaMin: fast and resource frugal de novo comparative metagenomics
Gaëtan Benoit
1
Mahendra Mariadassou
2
Stéphane Robin
3
Sophie Schbath
2
Pierre Peterlongo
1
Claire Lemaitre
1
1
GenScale - Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics
Inria Rennes – Bretagne Atlantique , IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE
Gaëtan Benoit 1
Author
Mahendra Mariadassou 2
Mail :
Author IdHAL : mahendra-mariadassou arXiv : https://arxiv.org/a/Mariadassou, M ORCID : https://orcid.org/0000-0003-2986-354X
Stéphane Robin 3
Mail :
Author
Sophie Schbath 2
Mail :
Author IdHAL : sophie-schbath ORCID : https://orcid.org/0000-0003-3574-8222
Pierre Peterlongo 1
Mail :
Author IdHAL : pierre-peterlongo ORCID : https://orcid.org/0000-0003-0776-6407
Claire Lemaitre 1
Mail : Site :
Author Employer institution : Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique IdHAL : claire-lemaitre ORCID : https://orcid.org/0000-0001-8675-170X
1
GenScale - Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (Campus de Beaulieu 35042 Rennes cedex - France)
- Inria Rennes – Bretagne Atlantique (Campus de beaulieu
35042 Rennes cedex - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (France)
- IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (Avenue du général Leclerc
Campus de Beaulieu
35042 RENNES CEDEX - France)
- CentraleSupélec (3, rue Joliot Curie, Plateau de Moulon, 91192 GIF-SUR-YVETTE Cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6074 (France)
- ENS Rennes - École normale supérieure - Rennes (Campus de Ker Lann - avenue Robert Schuman - 35170 Bruz - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- INSA Rennes - Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (20, avenue des Buttes de Coësmes - CS 70839 - 35708 Rennes cedex 7 - France)
- IMT Atlantique - IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (Campus Brest : Technopôle Brest-Iroise CS 8381829238 BREST Cedex 3 -
Campus Nantes : 4, rue Alfred Kastler- La chantrerie 44300 NANTES -
Campus Rennes : 2 Rue de la Châtaigneraie, 35510 CESSON SEVIGNE - France)
- IMT - Institut Mines-Télécom [Paris] (37-39 Rue Dareau, 75014 Paris - France)
- UBS - Université de Bretagne Sud (BP 92116 - 56321 Lorient cedex - France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (Avenue du général Leclerc
Campus de Beaulieu
35042 RENNES CEDEX - France)
2
MaIAGE - Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (Bât. 233, Domaine de Vilvert - 78352 Jouy-en-Josas Cedex - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UPR 1404 (France)
3
MIA-Paris - Mathématiques et Informatique Appliquées (16 rue Claude Bernard 75231 PARIS CEDEX 05 - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR0518 (France)
- AgroParisTech (16 rue Claude Bernard F-75231 Paris Cedex 05 - France)
Domain :
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https://hal.inria.fr/hal-02308101
Contributor : Claire Lemaitre <>
Submitted on : Tuesday, October 8, 2019 - 12:17:09 PM
Last modification on : Tuesday, May 26, 2020 - 9:25:47 PM
Contributor : Claire Lemaitre <>
Submitted on : Tuesday, October 8, 2019 - 12:17:09 PM
Last modification on : Tuesday, May 26, 2020 - 9:25:47 PM
File
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Identifiers
- HAL Id : hal-02308101, version 1
- DOI : 10.1093/bioinformatics/btz685
- PRODINRA : 496374
- PUBMED : 31504187
Collections
INRA | UNIV-RENNES1 | CNRS | MIA-PARIS | CENTRALESUPELEC | AGROPARISTECH | INRIA | UNIV-RENNES | IRISA | UNIV-PARIS-SACLAY | UR1-UFR-ISTIC | INRAE
Citation
Gaëtan Benoit, Mahendra Mariadassou, Stéphane Robin, Sophie Schbath, Pierre Peterlongo, et al.. SimkaMin: fast and resource frugal de novo comparative metagenomics. Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, 36 (4), pp.1-2. ⟨10.1093/bioinformatics/btz685⟩. ⟨hal-02308101⟩
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