Reference-guided genome assembly in metagenomic samples

Cervin Guyomar; Wesley Delage; Fabrice Legeai; Christophe Mougel; Jean-Christophe Simon; Claire Lemaitre

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Reference-guided genome assembly in metagenomic samples

Cervin Guyomar ^{1, 2} Wesley Delage ² Fabrice Legeai ^{1, 2} Christophe Mougel ¹ Jean-Christophe Simon ¹ Claire Lemaitre ²

1 IGEPP - Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes

2 GenScale - Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics

Inria Rennes – Bretagne Atlantique , IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE

Cervin Guyomar ^{1, 2} AuthorId : 11493978
Author

Wesley Delage ² AuthorId : 11332954
Author

Fabrice Legeai ^{1, 2} AuthorId : 946109

Author Employer institution : Institut National de la Recherche Agronomique

Christophe Mougel ¹ AuthorId : 1050387

Author IdHAL : christophe-mougel

Jean-Christophe Simon ¹ AuthorId : 11746940

Author

Claire Lemaitre ² AuthorId : 946111

Author Employer institution : Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique IdHAL : claire-lemaitre ORCID : https://orcid.org/0000-0001-8675-170X

1 IGEPP - Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (Domaine de la Motte au Vicomte BP 35327 35653 Le Rheu - France) StructId : 190314

INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR1349 (France) StructId : 92114
UR1 - Université de Rennes 1 : UMR1349 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France) StructId : 105160
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France) StructId : 528860
AGROCAMPUS OUEST : UMR1349 (Institut Supérieur des Sciences Agronomiques, Agroalimentaires, Horticoles et du Paysage - 65, rue de St Brieuc - CS 84215 - 35042 Rennes cedex - France) StructId : 108028
- Institut Agro - Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (France) StructId : 1042499

2 GenScale - Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (Campus de Beaulieu 35042 Rennes cedex - France) StructId : 491655

Inria Rennes – Bretagne Atlantique (Campus de beaulieu 35042 Rennes cedex - France) StructId : 419153
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (France) StructId : 491231
- IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (Avenue du général Leclerc Campus de Beaulieu 35042 RENNES CEDEX - France) StructId : 490899
  - CentraleSupélec (3, rue Joliot Curie, Plateau de Moulon, 91192 GIF-SUR-YVETTE Cedex - France) StructId : 411575
  - CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6074 (France) StructId : 441569
  - ENS Rennes - École normale supérieure - Rennes (Campus de Ker Lann - avenue Robert Schuman - 35170 Bruz - France) StructId : 247362
  - Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France) StructId : 300009
  - INSA Rennes - Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (20, avenue des Buttes de Coësmes - CS 70839 - 35708 Rennes cedex 7 - France) StructId : 117606
    - INSA - Institut National des Sciences Appliquées (France) StructId : 301232
    - UNIV-RENNES - Université de Rennes (France) StructId : 528860
  - IMT Atlantique - IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (Campus Brest : Technopôle Brest-Iroise CS 8381829238 BREST Cedex 3 - Campus Nantes : 4, rue Alfred Kastler- La chantrerie 44300 NANTES - Campus Rennes : 2 Rue de la Châtaigneraie, 35510 CESSON SEVIGNE - France) StructId : 481355
    - IMT - Institut Mines-Télécom [Paris] (37-39 Rue Dareau, 75014 Paris - France) StructId : 302102
  - UBS - Université de Bretagne Sud (BP 92116 - 56321 Lorient cedex - France) StructId : 172265
  - UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France) StructId : 105160
    - UNIV-RENNES - Université de Rennes (France) StructId : 528860

Keywords : Genome assembly metagenomics reference-guided short reads

Document type :

Conference papers

Domain :

Computer Science [cs] / Bioinformatics [q-bio.QM]

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https://hal.inria.fr/hal-02308257
Contributor : Claire Lemaitre <>
Submitted on : Tuesday, October 8, 2019 - 1:54:22 PM
Last modification on : Tuesday, November 24, 2020 - 10:56:09 AM

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Cervin Guyomar, Wesley Delage, Fabrice Legeai, Christophe Mougel, Jean-Christophe Simon, et al.. Reference-guided genome assembly in metagenomic samples. JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1-8. ⟨hal-02308257⟩

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