Validations of the whole metabolic network of Tisochrysis lutea - Archive ouverte HAL Access content directly
Master Thesis Year : 2017

Validations of the whole metabolic network of Tisochrysis lutea

Vérifications du réseau métabolique entier de Tisochrysis lutea

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Abstract

Metabolic network reconstruction is a new critical step to connect massive sequencing and biochemical data with metabolic information contained in databases. In this context, the aim of this internship was to reconstruct the metabolic network of the Tisochrysis lutea (T. lutea) microalgae through a workflow developed by the Dyliss team. This workflow combines several methods such as genomic annotation based reconstruction and orthology based reconstruction. It allows the gap-filling and manual curation as well as the analysis of the flux of these networks. The metabolic network reconstruction of T. lutea was carried out on one hand, from the combination of two distinct annotations, one obtained experimentally and the other in silico, on the other hand from the orthology informations of four organisms (Arabidopsis thaliana, Chlamydomonas reinhardtii, Ectocarpus siliculosus et Synechocystis sp. PCC 6803). The metabolic network obtained grows on its growth medium. Following this, a verification of this network was carried out on the analysis of a specific biosynthetic pathway: the carnosine biosynthesis pathway. The resulting figure is part of an article in preparation which co-authors I figure among.
La reconstruction de réseau métabolique est une nouvelle étape essentielle pour faire le lien entre les données issues du séquençage massif et les informations biochimiques et métaboliques renfermées dans des bases de données. En ce sens, ce stage a eu pour but de reconstruire de manière automatique le réseau métabolique de la microalgue Tisochrysis lutea (T. lutea) au travers du workflow AuReMe développé par l'équipe Dyliss. Ce workflow combine plusieurs méthodes telles que la reconstruction basée sur l'annotation génomique et la reconstruction basée sur l'orthologie. Il permet aussi bien le remplissage des lacunes (gap-filling) et la curation manuelle que l'analyse du flux de ces réseaux. Le processus de reconstruction automatique du réseau métabolique de T. lutea a été réalisé en partant de deux annotations de génomes de deux protéomes, l'un expérimental et l'autre in silico, et de quatre réseaux métaboliques connus (Arabidopsis thaliana, Chlamydomonas reinhardtii, Ectocarpus siliculosus et Synechocystis sp. PCC 6803). Le réseau métabolique obtenu croît sur son milieu de culture. Suite à cela, une vérification de ce réseau a été effectuée sur l'analyse d'une voie de biosynthèse spécifique : la voie de biosynthèse de la carnosine. La figure résultat fait partie d'un article en préparation dont je figure parmi des co-auteurs.
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Dates and versions

hal-02382948 , version 1 (27-11-2019)

Identifiers

  • HAL Id : hal-02382948 , version 1

Cite

Nicolas Guillaudeux. Vérifications du réseau métabolique entier de Tisochrysis lutea. Informatique [cs]. 2017. ⟨hal-02382948⟩
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