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Master thesis

Stockage d'information sur ADN

Ariane Badual 1
1 GenScale - Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics
Inria Rennes – Bretagne Atlantique , IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE
Résumé : Le monde génère beaucoup d’informations et les supports de stockage de ces informations sont une problématique actuelle. Depuis quelques années, la possibilité du stockage sur un support ADN commence à émerger. Ce type de stockage permettrait de stocker beaucoup d’informations en prenant très peu de place mais aussi de stocker ces informations sur le long terme puisque l’ADN est une molécule très stable dans le temps. Notre projet vise à étudier le stockage de l’information sur de l’ADN, et plus précisément de se concentrer sur la restitution de l’information après un séquençage par le séquenceur MinION. De ce fait, ce stage se concentre sur la préparation d’un environnement bioinformatique permettant de modéliser le séquençage de l’information et d’en prévoir les erreurs afin de mieux les corriger. Après avoir codé du texte en séquences ADN, nous avons utilisé le simulateur DeepSimulator afin de simuler le séquençage des séquences générées. Nous vérifions d’abord que le séquenceur permet de donner une idée exacte de la réalité du séquençage par nanopore puis nous analysons les types d’erreurs afin de prévoir les erreurs générées lors d’un séquençage réel et adapter les séquences afin de produire le minimum d’erreurs possible. Par la suite, une comparaison entre la simulation du séquençage et le séquençage réel se fera afin de pouvoir vérifier les hypothèses. Si le simulateur répond bien aux attentes, nous pourrons l’utiliser afin de tester les codes correcteurs d’erreurs pour vérifier que nous serons bien capables de récupérer toute l’information
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https://hal.inria.fr/hal-02401641
Contributor : Dominique Lavenier <>
Submitted on : Tuesday, December 10, 2019 - 11:23:33 AM
Last modification on : Tuesday, February 25, 2020 - 8:08:12 AM
Document(s) archivé(s) le : Wednesday, March 11, 2020 - 2:46:58 PM

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  • HAL Id : hal-02401641, version 1

Citation

Ariane Badual. Stockage d'information sur ADN. Biotechnologie. 2019. ⟨hal-02401641⟩

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