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Journal articles
Treerecs: an integrated phylogenetic tool, from sequences to reconciliations.
Nicolas Comte
1
Benoît Morel
2
Damir Hasic
3
Laurent Guéguen
4
Bastien Boussau
4
Vincent Daubin
4
Simon Penel
4
Celine Scornavacca
5
Manolo Gouy
4
Alexandros Stamatakis
2, 6
Eric Tannier
4, 7
David P. Parsons
7
1
MORPHEO - Capture and Analysis of Shapes in Motion
Inria Grenoble - Rhône-Alpes, LJK - Laboratoire Jean Kuntzmann, Grenoble INP - Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology
7
BEAGLE - Artificial Evolution and Computational Biology
LIRIS - Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information, Inria Grenoble - Rhône-Alpes, LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558
Nicolas Comte 1
Author IdHAL : nicolas-comte
Benoît Morel 2
Author
Damir Hasic 3
Author
Laurent Guéguen 4
Author IdHAL : laurent-gueguen ORCID : https://orcid.org/0000-0001-7838-791X
Bastien Boussau 4
Author IdHAL : bastienboussau ORCID : https://orcid.org/0000-0003-0776-4460
Vincent Daubin 4
Author IdHAL : vincent-daubin ORCID : https://orcid.org/0000-0001-8269-9430
Simon Penel 4
Author IdHAL : simon-penel ORCID : https://orcid.org/0000-0003-1550-5477
Celine Scornavacca 5
Author IdHAL : celine-scornavacca
Manolo Gouy 4
Author IdHAL : manolo-gouy
Alexandros Stamatakis 2, 6
Author
Eric Tannier 4, 7
Author IdHAL : eric-tannier ORCID : https://orcid.org/0000-0002-3681-7536
David P. Parsons 7
Author Employer institution : Institut National des Sciences Appliquées de Lyon IdHAL : david-parsons
1
MORPHEO - Capture and Analysis of Shapes in Motion (INRIA Grenoble Rhône-Alpes 655, avenue de l'Europe 38334 Saint Ismier Cedex - France)
- Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée
655 avenue de l'Europe
38330 Montbonnot - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- LJK - Laboratoire Jean Kuntzmann (Bâtiment IMAG, CS 40700, F-38058 Grenoble Cedex 9 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR 5224 (France)
- UGA - Université Grenoble Alpes (Adresse CS 40700 - 38058 Grenoble cedex - France)
- Grenoble INP - Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (46 avenue Félix Viallet 38031 Grenoble Cedex 1 - France)
- UGA - Université Grenoble Alpes (Adresse CS 40700 - 38058 Grenoble cedex - France)
- Grenoble INP - Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (46 avenue Félix Viallet 38031 Grenoble Cedex 1 - France)
- UGA - Université Grenoble Alpes (Adresse CS 40700 - 38058 Grenoble cedex - France)
2
HITS - Heidelberg Institute for Theoretical Studies (D-69118 Heidelberg Germany - Germany)
3
University of Sarajevo (UNIVERZITET U SARAJEVU Obala Kulina Bana br 7/II 71 000 SARAJEVO - Bosnia and Herzegovina)
- UNIVERZITET U SARAJEVU (UNIVERSITY OF SARAJEVO Obala Kulina Bana br 7/II 71 000 SARAJEVO, BOSNA I HERCEGOVINA - Bosnia and Herzegovina)
4
LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France)
5
UMR ISEM - Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (Place E. Bataillon CC 064 34095 Montpellier Cedex 05 - France)
- Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement : UMR116 (Siège 42, rue Scheffer 75116 Paris - France)
- EPHE - École pratique des hautes études (4-14 Rue Ferrus, 75014 Paris - France)
- PSL - Université Paris sciences et lettres (60 rue Mazarine 75006 Paris - France)
- UM - Université de Montpellier (163 rue Auguste Broussonnet - 34090 Montpellier - France)
- Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226 (France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5554 (France)
6
Institute of Theoretical Informatics (P.O. Box 3640 76021 Karlsruhe Germany - Germany)
- KIT - Karlsruhe Institute of Technology (Campus North, Hermann-von-Helmholtz-Platz 1, 76344 Eggenstein-Leopoldshafen / Campus South, Kaiserstraße 12, 76131 Karlsruhe - Germany)
7
BEAGLE - Artificial Evolution and Computational Biology (Antenne INRIA Lyon la Doua Bâtiment CEI-1 66 Boulevard Niels Bohr 69603 Villeurbanne - France)
- LIRIS - Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (Bâtiment Blaise Pascal - 20, avenue Albert Einstein - 69621 Villeurbanne cedex - France)
- INSA Lyon - Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (20 Avenue Albert Einstein,
69621 Villeurbanne cedex - France)
- INSA - Institut National des Sciences Appliquées (France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5205 (France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- ECL - École Centrale de Lyon (36 avenue Guy de Collongue - 69134 Ecully cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- UL2 - Université Lumière - Lyon 2 (86, rue Pasteur - 69007 Lyon - France)
- INSA Lyon - Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (20 Avenue Albert Einstein,
69621 Villeurbanne cedex - France)
- Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée
655 avenue de l'Europe
38330 Montbonnot - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
Abstract : Motivation
Gene and species tree reconciliation methods are used to interpret gene trees, root them and correct uncertainties that are due to scarcity of signal in multiple sequence alignments. So far, reconciliation tools have not been integrated in standard phylogenetic software and they either lack performance on certain functions, or usability for biologists.
Results
We present Treerecs, a phylogenetic software based on duplication-loss reconciliation. Treerecs is simple to install and to use. It is fast and versatile, has a graphic output, and can be used along with methods for phylogenetic inference on multiple alignments like PLL and Seaview.
Availability
Treerecs is open-source. Its source code (C ++, AGPLv3) and manuals are available from https://project.inria.fr/treerecs/
Gene and species tree reconciliation methods are used to interpret gene trees, root them and correct uncertainties that are due to scarcity of signal in multiple sequence alignments. So far, reconciliation tools have not been integrated in standard phylogenetic software and they either lack performance on certain functions, or usability for biologists.
Results
We present Treerecs, a phylogenetic software based on duplication-loss reconciliation. Treerecs is simple to install and to use. It is fast and versatile, has a graphic output, and can be used along with methods for phylogenetic inference on multiple alignments like PLL and Seaview.
Availability
Treerecs is open-source. Its source code (C ++, AGPLv3) and manuals are available from https://project.inria.fr/treerecs/
Document type :
Journal articles
Complete list of metadata
https://hal.inria.fr/hal-02883386
Contributor : Celine Scornavacca <>
Submitted on : Tuesday, December 15, 2020 - 3:16:28 PM
Last modification on : Tuesday, July 20, 2021 - 5:20:04 PM
Long-term archiving on: : Tuesday, March 16, 2021 - 7:52:16 PM
Contributor : Celine Scornavacca <>
Submitted on : Tuesday, December 15, 2020 - 3:16:28 PM
Last modification on : Tuesday, July 20, 2021 - 5:20:04 PM
Long-term archiving on: : Tuesday, March 16, 2021 - 7:52:16 PM
File
782946v2.full.pdf
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Identifiers
- HAL Id : hal-02883386, version 1
- BIORXIV : 782946
- DOI : 10.1093/bioinformatics/btaa615
Collections
BIOENVIS | AGROPOLIS | PSL | B3ESTE | UNIV-MONTPELLIER | INSA-GROUPE | UDL | LJK_GI_MORPHEO | LJK_GI | LJK | CIRAD | EPHE | UGA | CNRS | INRIA | UNIV-LYON1 | UNIV-LYON2 | INSA-LYON | EC-LYON | ISEM | LIRIS | IRD
Citation
Nicolas Comte, Benoît Morel, Damir Hasic, Laurent Guéguen, Bastien Boussau, et al.. Treerecs: an integrated phylogenetic tool, from sequences to reconciliations.. Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2020, 36 (18), pp.4822-4824. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa615⟩. ⟨hal-02883386⟩
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