Envisaging a global infrastructure to exploit the potential of digitised collections - Inria - Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue BDJ Open Année : 2023

Envisaging a global infrastructure to exploit the potential of digitised collections

Quentin Groom (1) , Mathias Dillen (1) , Wouter Addink (2) , Arturo Ariño (3) , Christian Bölling (4) , Pierre Bonnet (5, 6) , Lorenzo Cecchi (7) , Elizabeth Ellwood (8) , Rui Figueira (9) , Pierre-Yves Gagnier (10, 11, 12, 13) , Olwen Grace (14) , Anton Güntsch (15) , Helen Hardy (16) , Pieter Huybrechts (17) , Roger Hyam (14) , Alexis Joly (18, 19) , Vamsi Krishna Kommineni (20) , Isabel Larridon (21) , Laurence Livermore (16) , Ricardo Jorge Lopes (22) , Sofie Meeus (1) , Jeremy Miller (2) , Kenzo Milleville (23) , Renato Panda (24) , Marc Pignal (10) , Jorrit Poelen (25) , Blagoj Ristevski (26) , Tim Robertson (27) , Cristina Rufino (28) , Joaquim Santos (28) , Maarten Schermer (29) , Ben Scott (16) , Katja Seltmann (30) , Heliana Teixeira (31) , Maarten Trekels (1) , Jitendra Gaikwad (20)
1 Plantentuin - Meise Botanic Garden [Belgium]
2 Naturalis Biodiversity Center [Leiden]
3 UPNA - Universidad Pública de Navarra [Espagne] = Public University of Navarra
4 Museum für Naturkunde [Berlin]
5 UMR AMAP - Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations
6 Cirad-BIOS - Département Systèmes Biologiques
7 Museo di Storia Naturale di Firenze
8 iDigBio
9 ISA - Instituto Superior de Agronomia [Lisboa]
10 MNHN - Muséum national d'Histoire naturelle
11 DGD.C - Direction générale déléguée aux collections
12 CR2P - Centre de Recherche en Paléontologie - Paris
13 Redpath Museum
14 Royal Botanic Garden [Edinburgh]
15 FU - Free University of Berlin
16 NHM - The Natural History Museum [London]
17 INBO - Research Institute for Nature and Forest
18 ZENITH - Scientific Data Management
19 LIRMM - Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier
20 Friedrich-Schiller-Universität = Friedrich Schiller University Jena [Jena, Germany]
21 Royal Botanic Gardens [Kew]
22 Universidade do Porto = University of Porto
23 IDLab - Internet Technology and Data Science Lab
24 Instituto Politécnico de Tomar
25 Ronin Institute
26 Sofia University "St. Kliment Ohridski"
27 GBIF - Global Biodiversity Information Facility
28 Universidade de Coimbra [Coimbra]
29 Universiteit Utrecht / Utrecht University [Utrecht]
30 UC Santa Barbara - University of California [Santa Barbara]
31 Universidade de Aveiro
Quentin Groom
Meise Botanic Garden [Belgium]
Mathias Dillen
Meise Botanic Garden [Belgium]
Wouter Addink
Naturalis Biodiversity Center [Leiden]
Arturo Ariño
Universidad Pública de Navarra [Espagne] = Public University of Navarra
Christian Bölling
  • Fonction : Auteur
Museum für Naturkunde [Berlin]
Pierre Bonnet
Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations
Département Systèmes Biologiques
CV
Lorenzo Cecchi
Museo di Storia Naturale di Firenze
Elizabeth Ellwood
iDigBio
Rui Figueira
Instituto Superior de Agronomia [Lisboa]
Pierre-Yves Gagnier
Muséum national d'Histoire naturelle
Direction générale déléguée aux collections
Centre de Recherche en Paléontologie - Paris
Redpath Museum
Olwen Grace
Royal Botanic Garden [Edinburgh]
Anton Güntsch
Free University of Berlin
Helen Hardy
The Natural History Museum [London]
Pieter Huybrechts
Research Institute for Nature and Forest
Roger Hyam
Royal Botanic Garden [Edinburgh]
Alexis Joly
Scientific Data Management
Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier
CV
Vamsi Krishna Kommineni
Friedrich-Schiller-Universität = Friedrich Schiller University Jena [Jena, Germany]
Isabel Larridon
Royal Botanic Gardens [Kew]
Laurence Livermore
The Natural History Museum [London]
Ricardo Jorge Lopes
Universidade do Porto = University of Porto
Sofie Meeus
Meise Botanic Garden [Belgium]
Jeremy Miller
Naturalis Biodiversity Center [Leiden]
Kenzo Milleville
Internet Technology and Data Science Lab
Renato Panda
Instituto Politécnico de Tomar
Marc Pignal
  • Fonction : Auteur
Muséum national d'Histoire naturelle
Jorrit Poelen
Ronin Institute
Blagoj Ristevski
  • Fonction : Auteur
Sofia University "St. Kliment Ohridski"
Tim Robertson
  • Fonction : Auteur
Global Biodiversity Information Facility
Cristina Rufino
Universidade de Coimbra [Coimbra]
Joaquim Santos
Universidade de Coimbra [Coimbra]
Maarten Schermer
Universiteit Utrecht / Utrecht University [Utrecht]
Ben Scott
The Natural History Museum [London]
Katja Seltmann
University of California [Santa Barbara]
Heliana Teixeira
Universidade de Aveiro
Maarten Trekels
Meise Botanic Garden [Belgium]
Jitendra Gaikwad
Friedrich-Schiller-Universität = Friedrich Schiller University Jena [Jena, Germany]

Résumé

Tens of millions of images from biological collections have become available online in the last two decades. In parallel, there has been a dramatic increase in the capabilities of image analysis technologies, especially those involving machine learning and computer vision. Whilst image analysis has become mainstream in consumer applications, it is still only used on an artisanal basis in the biological collections community, largely because the image corpora are dispersed. Yet, there is massive untapped potential for novel applications and research if the images of collection objects could be made accessible as a single corpus. In this paper, we make the case for building infrastructure that could support image analysis of collection objects. We show that such an infrastructure is entirely feasible and well worth the investment.

Domaines

Intelligence artificielle [cs.AI] Vision par ordinateur et reconnaissance de formes [cs.CV] Apprentissage [cs.LG] Multimédia [cs.MM] Modélisation et simulation Biodiversité et Ecologie Environnement et Société
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Hélène LESUR  : Connectez-vous pour contacter le contributeur

https://inria.hal.science/hal-03871553

Soumis le : mardi 9 avril 2024-14:31:00

Dernière modification le : lundi 15 avril 2024-11:02:04

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Dates et versions

hal-03871553 , version 1 (09-04-2024)

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Paternité

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Citer

Quentin Groom, Mathias Dillen, Wouter Addink, Arturo Ariño, Christian Bölling, et al.. Envisaging a global infrastructure to exploit the potential of digitised collections. BDJ Open, 2023, 11, ⟨10.3897/BDJ.11.e109439⟩. ⟨hal-03871553⟩

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