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Conference papers

Plasma, un nouvel algorithme progressif pour l'alignement multiple de séquences

Résumé : L'alignement multiple de séquences est un problème NP-complet important en bioinformatique. Plusieurs algorithmes existent, basés sur différentes heuristiques. Nous présentons ici Plasma, un nouvel algorithme utilisant le principe de la programmation dynamique, appliqué à des blocs de séquences. Plasma a été testé sur l'ensemble des jeux d'essais de Balibase. Les premiers résultats montrent que Plasma obtient le meilleur alignement pour plusieurs de ces jeux d'essais, mais également que les temps de calcul sont très faibles.
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https://hal.inria.fr/inria-00000076
Contributor : Christine Solnon Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Thursday, May 26, 2005 - 12:39:05 PM
Last modification on : Wednesday, October 20, 2021 - 3:19:07 AM
Long-term archiving on: : Thursday, April 1, 2010 - 8:13:57 PM

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Identifiers

  • HAL Id : inria-00000076, version 1

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Citation

Vincent Derrien, Jean-Michel Richer, Jin-Kao Hao. Plasma, un nouvel algorithme progressif pour l'alignement multiple de séquences. Premières Journées Francophones de Programmation par Contraintes, CRIL - CNRS FRE 2499, Jun 2005, Lens, pp.39-48. ⟨inria-00000076⟩

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