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FouDanGA : Fouille de données pour l'annotation de génomes d'actinomycètes

Jean-François Mari 1 Fabrice Touzain 2 Sébastien Hergalant 1 Isabelle Debled-Rennesson 2
1 ORPAILLEUR - Knowledge representation, reasonning
INRIA Lorraine, LORIA - Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications
2 ADAGE - Applying discrete algorithms to genomics
INRIA Lorraine, LORIA - Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications
Résumé : L'accumulation des séquences issues des projets de séquençage oblige la mise en œuvre de méthodes de fouilles de données pour comprendre les mécanismes impliqués dans l'expression, la transmission et l'évolution des gènes. Nous nous intéressons aux méthodes combinatoires et stochastiques permettant de prédire les séquences promotrices et autres petites séquences régulatrices chez les bactéries. Deux approches informatiques sont développées. La première correspond à l'utilisation d'algorithmes de recherche de mots puis de couples de mots sur-représentés dans les régions en amont de gènes orthologues d'espèces phylogénétiquement proches. La seconde correspond à une méthode de fouille de données génomiques sans a priori pour faire émerger des sous-séquences d'ADN dans les régions intergéniques. Le processus de fouille de données se traduit par la spécification de modèles de Markov cachés du second-ordre (HMM2), leur apprentissage et leur utilisation pour faire apparaître des irrégularités dans des grandes séquences d'ADN.
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https://hal.inria.fr/inria-00000453
Contributor : Jean-François Mari Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Tuesday, October 18, 2005 - 11:55:06 AM
Last modification on : Wednesday, February 2, 2022 - 3:54:46 PM
Long-term archiving on: : Thursday, April 1, 2010 - 10:48:14 PM

Identifiers

  • HAL Id : inria-00000453, version 1

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Citation

Jean-François Mari, Fabrice Touzain, Sébastien Hergalant, Isabelle Debled-Rennesson. FouDanGA : Fouille de données pour l'annotation de génomes d'actinomycètes. [Rapport de recherche] 2005. ⟨inria-00000453⟩

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