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Reports

Recherche des gènes d'ARN non codant

Emmanuel Gothié 1 Yann Guermeur 1 Sébastien Muller Christiane Branlant Alexander Bockmayr 1
1 MODBIO - Computational models in molecular biology
INRIA Lorraine, LORIA - Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications
Résumé : La masse considérable de données brutes extraite des programmes de séquençage nécessite de nouvelles techniques d'analyse. La première étape visant à annoter les séquences génomiques est la recherche de régions codant des protéines (ORF pour Open Reading Frame). Cependant les gènes d'ARN non codant (ARNnc), qui ne produisent pas de protéines mais des ARN fonctionnels en tant que tels, ne présentent pas les signaux utilisés pour la détection d'ORF. La recherche systématique des gènes d'ARNnc requiert de ce fait le développement d'outils appropriés, ce qui représente un challenge de premier ordre dans l'ère post génomique. Nous proposons ainsi d'utiliser une méthode issue de l'apprentissage statistique basée sur les machines à vecteurs support (SVM) qui est applicable à l'ensemble des séquences génomiques. Cette approche a été validée par la recherche de snoRNA à boîtes C/D ou H/ACA dans le génome de la levure S. cerevisiae et dans les génomes d'Archaea du genre Pyrococcus.
Document type :
Reports
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https://hal.inria.fr/inria-00071526
Contributor : Rapport de Recherche Inria <>
Submitted on : Tuesday, May 23, 2006 - 5:51:01 PM
Last modification on : Friday, February 26, 2021 - 3:28:05 PM
Long-term archiving on: : Sunday, April 4, 2010 - 10:22:22 PM

Identifiers

  • HAL Id : inria-00071526, version 1

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Citation

Emmanuel Gothié, Yann Guermeur, Sébastien Muller, Christiane Branlant, Alexander Bockmayr. Recherche des gènes d'ARN non codant. [Rapport de recherche] RR-5057, INRIA. 2003. ⟨inria-00071526⟩

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