Il est communément accepté que la plupart des propriétés intéressantes d'un organisme biologique émerge des interactions entre ses gènes, protéines, molécules messagères et autres constituants. En général, les interactions entre gènes sont complexes, faisant souvent intervenir des boucles de rétroactions positives et négatives. La simple juxtaposition de ces interactions ne permet pas de connaitre les propriétés globales des systèmes étudiés. Il est alors necessaire d'intégrer ces données dans un formalisme permettant la simulation du comportement dynamique du réseau d'interactions considéré. Dans ce contexte, une méthode de simulation et un outil informatique (GNA) basé sur cette méthode, ont étés développés au sein de l'équipe HELIX. Cette méthode a été développée dans le but d'analyser un certain type de réseaux de gènes, ne contenant que des interactions ADN/protéine. Nous montrerons qu'il est également possible d'utiliser cette méthode pour analyser un autre type de réseaux de gènes, contenant également des interactions protéine/protéine. L'analyse d'un système de régulation complexe faisant intervenir ces deux types d'interactions, concernant l'initiation de la sporulation chez B. subtilis, a été réalisée.