Parallel Constrained Molecular Dynamics

Abstract : A Block version of the shake method for heavy atoms simulation in biological systems is presented in this paper. The method solves successively, independen- t blocks of constraints of small size by a Newton method. This algorithm is implemented in \tak, an efficient parallel molecular dynamics code. This method has been tested on a small system and on an ionic canal of 67671 atoms.
Type de document :
Rapport
[Research Report] RR-3868, INRIA. 2000, pp.14
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Contributeur : Rapport de Recherche Inria <>
Soumis le : mercredi 24 mai 2006 - 10:53:35
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Document(s) archivé(s) le : dimanche 4 avril 2010 - 23:22:23

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Pierre-Eric Bernard, Olivier Coulaud. Parallel Constrained Molecular Dynamics. [Research Report] RR-3868, INRIA. 2000, pp.14. 〈inria-00072786〉

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