Le modèle probabiliste de l'alignement local de deux séquences

Pierre Nicodème 1
1 ALGO - Algorithms
Inria Paris-Rocquencourt
Résumé : Nous décrivons le modèle probabiliste utilisé pour calibrer l'alignement local de deux séquences, quand un schéma de score additif est utilisé. Ce modèle est utilisé en particulier par le logiciel BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), qui est employé fréquemment par les biologistes. Asymptotiquement, la probabilité associée au score d'un alignement optimal vérifie une loi des valeurs extrêmes. Nous analysons différents aspects des outils mathématiques (modèles de marche aléatoire, décomposition de Wiener-Hopf, théorie du renouvellement) utilisés dans ce modèle probabiliste.
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Reports
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https://hal.inria.fr/inria-00073488
Contributor : Rapport de Recherche Inria <>
Submitted on : Wednesday, May 24, 2006 - 1:00:13 PM
Last modification on : Friday, May 25, 2018 - 12:02:02 PM
Long-term archiving on : Thursday, March 24, 2011 - 12:49:49 PM

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  • HAL Id : inria-00073488, version 1

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Citation

Pierre Nicodème. Le modèle probabiliste de l'alignement local de deux séquences. [Rapport de recherche] RR-3201, INRIA. 1997. ⟨inria-00073488⟩

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