Le modèle probabiliste de l'alignement local de deux séquences

Pierre Nicodème 1
1 ALGO - Algorithms
Inria Paris-Rocquencourt
Résumé : Nous décrivons le modèle probabiliste utilisé pour calibrer l'alignement local de deux séquences, quand un schéma de score additif est utilisé. Ce modèle est utilisé en particulier par le logiciel BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), qui est employé fréquemment par les biologistes. Asymptotiquement, la probabilité associée au score d'un alignement optimal vérifie une loi des valeurs extrêmes. Nous analysons différents aspects des outils mathématiques (modèles de marche aléatoire, décomposition de Wiener-Hopf, théorie du renouvellement) utilisés dans ce modèle probabiliste.
Type de document :
Rapport
[Rapport de recherche] RR-3201, INRIA. 1997
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https://hal.inria.fr/inria-00073488
Contributeur : Rapport de Recherche Inria <>
Soumis le : mercredi 24 mai 2006 - 13:00:13
Dernière modification le : samedi 17 septembre 2016 - 01:35:23
Document(s) archivé(s) le : jeudi 24 mars 2011 - 12:49:49

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  • HAL Id : inria-00073488, version 1

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Pierre Nicodème. Le modèle probabiliste de l'alignement local de deux séquences. [Rapport de recherche] RR-3201, INRIA. 1997. 〈inria-00073488〉

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