SAMBA : Systolic Accelerator for Molecular Biological Applications

Dominique Lavenier 1
1 API - Parallel VLSI Architectures
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, INRIA Rennes
Abstract : Samba is a full custom systolic array dedicated to the comparison of biological sequences. This hardware accelerator implements a parameterized version of the Smith and Waterman algorithm allowing the computation of local or global alignments with or without gap penalty. The speed-up provided by SAMBA over standard workstations ranges from 50 to 500, depending on the application.
Type de document :
Rapport
[Research Report] RR-2845, INRIA. 1996
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https://hal.inria.fr/inria-00073846
Contributeur : Rapport de Recherche Inria <>
Soumis le : mercredi 24 mai 2006 - 13:54:03
Dernière modification le : jeudi 11 janvier 2018 - 06:20:08
Document(s) archivé(s) le : dimanche 4 avril 2010 - 23:59:52

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  • HAL Id : inria-00073846, version 1

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Dominique Lavenier. SAMBA : Systolic Accelerator for Molecular Biological Applications. [Research Report] RR-2845, INRIA. 1996. 〈inria-00073846〉

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