Analyse de voies métaboliques en programmation par contraintes

Abdelhalim Larhlimi 1
1 MODBIO - Computational models in molecular biology
INRIA Lorraine, LORIA - Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications
Résumé : L'analyse des voies métaboliques détermine les voies caractéristiques permettant de décrire à elles seules toutes les distributions de flux possibles dans un réseau métabolique. Ces voies caractéristiques sont les rayons extrêmes d'un cône convexe représentant l'espace des flux qui vérifient les contraintes stoechiométriques du système. Diverses approches ont récemment été développées pour déterminer ces voies particulières. Cependant, leur recherche occasionne une explosion combinatoire dans le cas de systèmes biologiques réels. Pour pallier à ce problème, cette étude propose d'améliorer la formalisation du réseau métabolique. Cela permet de déterminer un ensemble minimale des voies métaboliques caractéristiques dites génériques. Ces dernières décrivent l'ensemble des comportements possibles d'un système vivant. Pour ce problème mieux formalisé, il est alors possible d'utiliser la méthode de la double description qui est plus performante que les algorithmes standards pour calculer les rayons extrêmes. || Metabolic pathways analysis determine the characteristic pathways which describes by themselves all the possible flux in a metabolic network. Those pathways correspond to the extrem rays of a convex cone which include all the flux verifying the stoichiome
Type de document :
Rapport
[Stage] A04-R-239 || larhlimi04a, 2004, 42 p
Liste complète des métadonnées

https://hal.inria.fr/inria-00100009
Contributeur : Publications Loria <>
Soumis le : mardi 26 septembre 2006 - 10:13:21
Dernière modification le : jeudi 11 janvier 2018 - 06:19:51

Identifiants

  • HAL Id : inria-00100009, version 1

Collections

Citation

Abdelhalim Larhlimi. Analyse de voies métaboliques en programmation par contraintes. [Stage] A04-R-239 || larhlimi04a, 2004, 42 p. 〈inria-00100009〉

Partager

Métriques

Consultations de la notice

181