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Fouille de données à l'aide de HMM : Application à la détection de réitérations intragénomiques

Sébastien Hergalant 1 Bertrand Aigle Bernard Decaris Pierre Leblond Jean-François Mari 1
1 ORPAILLEUR - Knowledge representation, reasonning
INRIA Lorraine, LORIA - Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications
Résumé : Nous présentons une méthode de fouille de données génomiques dans laquelle l'utilisateur analyse un signal élaboré pour la circonstance par un HMM d'ordre deux. Ce signal, qui représente une probabilité a posteriori de classer un résidu ou un groupe de résidus nucléotidiques dans un état, permet la localisation de répétitions dans la séquence d'un génome bactérien complet.
Document type :
Conference papers
Complete list of metadatas

https://hal.inria.fr/inria-00100752
Contributor : Publications Loria <>
Submitted on : Tuesday, September 26, 2006 - 2:50:14 PM
Last modification on : Friday, July 20, 2018 - 2:24:03 PM

Identifiers

  • HAL Id : inria-00100752, version 1

Collections

Citation

Sébastien Hergalant, Bertrand Aigle, Bernard Decaris, Pierre Leblond, Jean-François Mari. Fouille de données à l'aide de HMM : Application à la détection de réitérations intragénomiques. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques - JOBIM'02, François Coste - Elisabeth Lebret, 2002, Saint Malo, France, pp.269-273. ⟨inria-00100752⟩

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