Maximal Repetitions and Application to DNA sequences

Mathieu Giraud 1 Grégory Kucherov 2
2 POLKA - Polynomials, Combinatorics, Arithmetic
INRIA Lorraine, LORIA - Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications
Abstract : In this paper we describe an implementation of Main-Kolpakov-Kucherov algorithm \cite{KolpakovKucherovFOCS99} of linear-time search for maximal repetitions in sequences. We first present a theoretical background and sketch main components of the method. We also discuss how the method can be generalized to finding approximate repetitions. Then we discuss implementation decisions and present test examples of running the programs on real DNA data.
Type de document :
Communication dans un congrès
G. Caraux, O. Gascuel, M.-F. Sagot. Journées Ouvertes : Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM'2000, 2000, Montpellier/France, AGRO, pp.165--172, 2000
Liste complète des métadonnées

Littérature citée [11 références]  Voir  Masquer  Télécharger

https://hal.inria.fr/inria-00107854
Contributeur : Publications Loria <>
Soumis le : jeudi 19 octobre 2006 - 09:11:58
Dernière modification le : mardi 6 mars 2018 - 17:40:58
Document(s) archivé(s) le : mercredi 29 mars 2017 - 12:59:20

Identifiants

  • HAL Id : inria-00107854, version 1

Collections

Citation

Mathieu Giraud, Grégory Kucherov. Maximal Repetitions and Application to DNA sequences. G. Caraux, O. Gascuel, M.-F. Sagot. Journées Ouvertes : Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM'2000, 2000, Montpellier/France, AGRO, pp.165--172, 2000. 〈inria-00107854〉

Partager

Métriques

Consultations de la notice

141

Téléchargements de fichiers

122