Représentation par Jeux du Chaos de séquences d'ADN

Thibaut Henin 1
1 SYMBIOSE - Biological systems and models, bioinformatics and sequences
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Résumé : Le jeu du chaos est une technique permettant de dessiner facilement des images fractales. Cette technique a été adaptée aux séquences d'ADN et permet de représenter des génomes par des images, révélant des structures fractales différentes suivant les génomes. Une question fondamentale est de savoir d'où viennent ces structures fractales, et de les caractériser. Dans ce travail, nous montrons que ces structures sont la conséquence directe de la présence de langages réguliers au sein de la séquence. Nous proposons ensuite une méthode de quantification de cette présence et de caractérisation des structures fractales à l'aide d'automates finis probabilistes. Nous montrons également que l'on peut utiliser ces structures et ces automates pour discriminer des génomes. Nous ouvrons par cette technique un certain nombre de pistes de représentations de séquences et leurs applications à diverses problématiques.
Type de document :
Rapport
[Stage] 2006
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https://hal.inria.fr/inria-00177858
Contributeur : Thibaut Henin <>
Soumis le : mardi 9 octobre 2007 - 14:26:04
Dernière modification le : vendredi 16 novembre 2018 - 01:22:40

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  • HAL Id : inria-00177858, version 1

Citation

Thibaut Henin. Représentation par Jeux du Chaos de séquences d'ADN. [Stage] 2006. 〈inria-00177858〉

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