Recherche dans les banques d'ADN par indexation parallèle

Van Hoa Nguyen 1 Dominique Lavenier 1
1 SYMBIOSE - Biological systems and models, bioinformatics and sequences
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Résumé : Une des tâches de base de la biologie moléculaire est la recherche de similarités dans les banques d'ADN. Une recherche rapide passe par une mise en oeuvre parallèle des algorithmes. Les méthodes séquentielles développées se parallélisent en général sans problème : les noeuds travaillent indépendamment sur une partie des banques et le résultat final est la fusion de l'ensemble. Un des inconvénients réside dans le parcours systématique des banques puisque leur taille influe directement sur le temps d'exécution. Or les banques d'ADN croissent exponentiellement. Cet article propose une autre méthode, basée sur l'indexation, et qui minimise cet écueil. Les banques d'ADN sont structurées de manière à pointer directement sur l'information recherchée. Les premiers résultats effectués sur la plateforme GRID 5000 montrent un potentiel intéressant par rapport au programme de référence dans le domaine : le programme BLAST.
Type de document :
Communication dans un congrès
RVIF, Feb 2006, HCM, Vietnam. 2006
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Contributeur : Van Hoa Nguyen <>
Soumis le : vendredi 19 octobre 2007 - 13:42:53
Dernière modification le : mercredi 16 mai 2018 - 11:23:05
Document(s) archivé(s) le : dimanche 11 avril 2010 - 23:17:01

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Van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier. Recherche dans les banques d'ADN par indexation parallèle. RVIF, Feb 2006, HCM, Vietnam. 2006. 〈inria-00180372〉

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