Parsing avec erreurs par un protomate

Jessie Mahé 1
1 SYMBIOSE - Biological systems and models, bioinformatics and sequences
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Résumé : Mon stage a consisté en l'implémentation en langage C d'un parseur permettant de scanner rapidement une banque de données de séquences protéiques. Le scan permet de connaître l'appartenance des séquences à une famille modélisée par un automate pondéré. Les séquences rendues par le scan peuvent appartenir exactement à la famille ou être à une faible distance de celleci. À la fin du scan on obtient un score résumant l'adéquation automateséquence. Ce programme a été complété par une option permettant de mémoriser pour chaque séquence de la banque de données quel chemin a été pris dans l'automate, et l'évolution du score en fonction de l'avancement dans la séquence. Nous avons également réfléchi à la mise en ligne du programme et pour cela nous avons travaillé sur le découpage en modules de l'interface Web.
Type de document :
Rapport
[Stage] 2007, pp.45
Liste complète des métadonnées

https://hal.inria.fr/inria-00185428
Contributeur : François Coste <>
Soumis le : mardi 6 novembre 2007 - 09:20:33
Dernière modification le : mercredi 21 février 2018 - 01:52:05
Document(s) archivé(s) le : lundi 12 avril 2010 - 01:25:49

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rapport_stage_Jessie_Mahe.pdf
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  • HAL Id : inria-00185428, version 1

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Jessie Mahé. Parsing avec erreurs par un protomate. [Stage] 2007, pp.45. 〈inria-00185428〉

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