Parsing avec erreurs par un protomate

Jessie Mahé 1
1 SYMBIOSE - Biological systems and models, bioinformatics and sequences
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Résumé : Mon stage a consisté en l'implémentation en langage C d'un parseur permettant de scanner rapidement une banque de données de séquences protéiques. Le scan permet de connaître l'appartenance des séquences à une famille modélisée par un automate pondéré. Les séquences rendues par le scan peuvent appartenir exactement à la famille ou être à une faible distance de celleci. À la fin du scan on obtient un score résumant l'adéquation automateséquence. Ce programme a été complété par une option permettant de mémoriser pour chaque séquence de la banque de données quel chemin a été pris dans l'automate, et l'évolution du score en fonction de l'avancement dans la séquence. Nous avons également réfléchi à la mise en ligne du programme et pour cela nous avons travaillé sur le découpage en modules de l'interface Web.
Document type :
Reports
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https://hal.inria.fr/inria-00185428
Contributor : François Coste <>
Submitted on : Tuesday, November 6, 2007 - 9:20:33 AM
Last modification on : Friday, November 16, 2018 - 1:23:32 AM
Long-term archiving on : Monday, April 12, 2010 - 1:25:49 AM

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  • HAL Id : inria-00185428, version 1

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Jessie Mahé. Parsing avec erreurs par un protomate. [Stage] 2007, pp.45. ⟨inria-00185428⟩

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