Large Scale Matching for Position Weight Matrices

Aude Liefooghe 1, 2 Helene Touzet 1, 2 Jean-Stéphane Varré 1, 2
2 SEQUOIA - Sequential Learning
LIFL - Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille, Inria Lille - Nord Europe
Abstract : This paper addresses the problem of multiple pattern match- ing for motifs encoded by Position Weight Matrices. We first present an algorithm that uses a multi-index table to preprocess the set of motifs, allowing a dramatically decrease of computation time. We then show how to take benefit from simlar motifs to prevent useless computations.
Type de document :
Communication dans un congrès
Combinatorial Pattern Matching, Jul 2006, Barcelona, Spain. Springer Berlin / Heidelberg, 4009, pp.401-412, 2006, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/11780441_36〉
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https://hal.inria.fr/inria-00270270
Contributeur : Jean-Stéphane Varré <>
Soumis le : vendredi 4 avril 2008 - 11:37:07
Dernière modification le : jeudi 11 janvier 2018 - 06:22:13

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Aude Liefooghe, Helene Touzet, Jean-Stéphane Varré. Large Scale Matching for Position Weight Matrices. Combinatorial Pattern Matching, Jul 2006, Barcelona, Spain. Springer Berlin / Heidelberg, 4009, pp.401-412, 2006, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/11780441_36〉. 〈inria-00270270〉

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